广州市足球联赛曾经在1995年和1996年作为全国足球乙级联赛预赛，冠亚军获得参加全国足球乙级联赛复赛的资格。其中，1995年“东方杯”广州市足球联赛有八支球队参加，名次依次为广州酒家集团公司、广州公汽一公司、广东工学院、东方制衣、广州永平、老爷车、广州永平港利、流浪者。1996年广州市足球联赛则有11支球队，前六名分别是广州永平、广州松日二队、小港化工、穗花康宝电器、老爷车、纽纬讯流浪。

2002年开始，联赛同时也是中国足球协会会员协会冠军联赛（前身 全国足球业余（丙级）队联赛）广州赛区的预赛。

在2016年恢复举办之前，曾中断十年左右。而2017年由广州足球名宿麦超带领的广州国体茵超足球俱乐部夺得冠军。