获全区教育教学软件大赛一等奖22项,二等奖5项,三等奖1项.全国教育教学软件大赛一等奖1项。

学院历来重视科研工作，特别是近五年来科研设备与研究条件有了显著改善，取得丰硕成果。2000—2005年共获得国家自然基金项目3 项，省（部）级项目27 项，厅（局）级项目7项，校级科研项目33 项，横向课题:22项,科研经费294.6 多万元；教职工公开发表第一作者论文共500多篇。获省（部）级科研成果 4项。 学院十分重视加强国际学术交流，与日本、德国、美国、英国、丹麦、斯洛文尼亚、法国、瑞典等国家建立了多种形式的合作交流。

广西医学院建院初期，基础课程的教学工作，均直属院长领导。教学单位称为教研室，民国32年（1943年）8月，改称为科。1955年6月21日，废科建组，改称为教研组。当时，基础课共有14个教研组：化学教研组、物理学教研组、生物学寄生虫学教研组、人体解剖学教研组、组织学与胚胎学教研组、生理学教研组、生物化学教研组、病理学教研组（包括病理解剖学及病理生理学）、药理学教研组、微生物学教研组、俄文教研组、体育教研组、马克思列宁主义教研组、公共卫生学教研组（包括卫生学、保健组织、流行病学）。

1959年1月6日，成立基础部，负责组织领导各基础课教研组的教学、科研、师资培养等工作，教职工共177人。方中祜兼任主任，邓时忠任副主任，杨启超任秘书。所属教研组调整为13个：化学教研组、物理学教研组、人体解剖学教研组（原人体解剖学教研组和组织学与胚胎学教研组合并）、生理病理生理学教研组（原生理学教研组与病理生理学教研组合并）、生物化学教研组、病理解剖学教研组、药理学教研组、微生物学教研组、生物寄生虫学教研组、外语教研组、体育教研组、马列主义教研组、卫生学教研组。

1960年10月，学院决定成立医疗系，取销基础部，增设卫生系、儿科系、药学系筹建小组。各基础课教研组分别在医疗系和卫生系、儿科系、药学系筹建小组的领导下开展工作。1961年6月，按照中央“调整、巩固、充实、提高”八字方针的精神，决定卫生系、儿科系、药学系的筹建工作暂停。各基础课教研组的教学、科研、师资培养等各项工作，在院长直接领导下进行，基础部没有配备行政人员，只设立中共基础部总支委员会。

1966年6月，“文化大革命”开始，基础部党总支及各教研组的组织瘫痪，教学、科研、师培等工作中断。

1970年为连队建制，称为教工连，于云昌任教工连领导小组组长；下设三个班，设班长、副班长，在驻院工军宣队领导下开展活动。1971年4月，成立基础部革命领导小组，由军宣队员任负责人，配备基础部办公室工作人员（未设主任、副主任）。并将原13个教研组合并为8个：医用人体学教研组（包括原人体解剖学和组织胚胎学的全体人员以及生理学、生物化学、生物学部分成员）、病理学教研组（包括原病理解剖学及部分病理生理学成员）、卫生防疫学教研组(包括原寄生虫学、卫生学及微生物学学科部分成员)、微生物学教研组、药理学教研组、军体教研组、外文教研组、理化教研组（包括原部分生物化学、化学、物理学成员）。

1971年至1976年，广西医学院招收三年制大学普通班，基础部各教研组按照学校医教组的统一安排进行教学，包括基础与临床结合、和学生一起下乡开门办学等。

1972年6月，张敬民、李志尚、陈贞娴任革命领导小组副组长。1974年3月，增派赵志宏任革命领导小组副组长1974年5月，恢复成立基础部党总支。

1977年，在基础部革命领导小组直接领导和基础部党总支的保证、监督下，各教研组积极进行恢复培养五年制本科生的各项准备工作。从77年9月，全国恢复统一高考招生，恢复为本科五年学制。由于当年高考日期延迟，77级学生相应延至1978年2月才入学上课。

1979年7月6日，广西医学院决定各教研组一律改称教研室，并将基础学科调整为15个教研室：化学教研室、物理学教研室、生物学教研室、人体解剖学教研室、组织胚胎学教研室、生理学教研室、生物化学教研室、病理解剖学教研室、病理生理学教研室、药理学教研室、微生物学教研室、寄生虫学教研室、外文教研室、体育教研室、马列主义教研室，另有一个附属单位：电镜室。1980年，外文教研室改为外语教研室；， 1990年3月，微生物学教研室改名为微生物学与免疫学教研室。1982年9月，广西医学院党委决定马列主义教研室直属院党委领导，为系（处）级的教学单位；1983年1月，党委决定体育教研室为学校直属教研室；蛇毒研究室为学校直属科研机构。但是，以上三个单位的党政组织关系仍隶属于基础部。

1980年9月—1983年6月，陆含华任基础部主任，1980年9月—1981年12月，过慧敏任副主任。1982年3月—1984年10月，张明安任副主任。1984年10月—1989年7月，潘世琦任主任，檀进发任副主任。1989年7月，檀进发任主任。1985年9月—1990年4月，蒋德昭任副主任。1989年11月，况子雯任副主任。1988年4月，汪延洋任秘书。

80年代以后，基础部的组织机构日臻完善，逐步配备主任、副主任、办公室主任、秘书等，党建、教学、科研、师培各项工作稳步开展。1980年10月至1981年12月，学院决定学生划归基础部管理，各年级配备了年级主任、副主任。1990年，学校决定实行院系（部）两级学生管理体制，医学系前两年半上基础课的学生划归基础部管理，上基础课的研究生也归基础部管理，各年级配备了年级主任、副主任。

1987年，病理教研室被评为广西区重点建设学科，邓卓霖教授是重点学科带头人。

除了本科学生外，基础部还承担专科生、进修生、研究生、留学生等各层次学生的基础课教学工作任务。

1994年5月，基础部组织部分科室领导先后到河南医学院、同济医学院、湖北医学院、湖南医学院、衡阳医学院等兄弟院校参观学习，在充分总结兄弟单位管理经验的基础上，结合该部的实际情况，制定了《广西医科大学基础部教研室工作目标管理任务书》，将教研室工作目标管理分解为教研室管理、教学工作、师资培养、科研与科技开发等4大项目、10个目标、58项具体要求，并制定出具体目标、具体要求、考核评分标准（总分120分），每年12月底检查评比一次。学校对此非常重视，充分肯定了基础部《基础部教研室工作目标管理任务书》是一项教学管理规范化、制度化、科学化的重要措施；它的特点是将政治思想、行政管理、教学、科研师培及科技开发工作等任务分别制定出目标，实行量化管理，它是落实国家教委（教高[1994]10号）文件的一项重要措施。学校在同意从1995年起在基础部试行的同时，并在学校经费预算中建立校长教学管理基金用以支持教学改革所需经费，奖励在教学管理改革中做出成绩的部处系及教研室。接着，体育教研室、化学教研室根据国家教委颁发的有关文件和《基础部教研室目标管理任务书》的内容，结合教研室的情况制定了具体实施细则，并与年终评优及岗位津贴挂勾。基础部肯定了体育教研室和化学教研室的方案。

从1995年至2000年，每年十二月，由学院（部）领导、教师代表、专家、工会领导等组成的检查小组，深入各教研室查看挡案记录、听取汇报，对照目标管理总纲要求，认真细致地进行考核和量化评分。并在每年年终总结的基础上，结合新的任务和执行情况，对《任务书》进行修改和补充，使之不断完善，形成一套行之有效的管理制度。经过6年的努力，取得良好的效果。1995年，达标率只有14.3%，1999年，达标率达100%。达到预期目的。1998年，该院教学实验室全部通过自治区教育厅评估。同年，《基础部教研室工作目标管理的探索》被列入第四届广西普通高校教学成果立项项目和广西医科大学成果立项项目。2001年5月，《基础部教研室工作目标管理的探索》获广西医科大学教学成果一等奖。

1995年至2000年，在实施《基础部教研室工作目标管理任务书》期间，基础医学院共表彰先进集体43个次，先进个人175人次；122人次获学校先进教学教育奖，其中授予师德标兵2人；优秀教师38人次，先进教育工作者23人次，获区级以上荣誉称号7人次，其中1人获“全国先进工作者”称号。

2001年1月15日—16日,召开广西医科大学基础医学院第一届教职工代表大会，区教育工会谢学高主席、学校党委书记刘唐威、校长唐步坚、副校长何如昆、王昌辉、仇小强等领导参加了大会。这是广西壮族自治区高等学校第一个召开教职工代表大会的二级学院。大会的召开，对加强学院民主管理、民主决策、、统一认识、明确目标、团结奉献、开拓进取、共创辉煌，促进教育事业的发展，有着重要的意义。

2002年7月10日，在基础医学院第一届教职工代表大会第二次会议上，全体代表认真总结实施《基础部教研室工作目标管理任务书》的六年期间的管理经验，充分肯定了《任务书》的作用，并在此基础上制定了《基础医学院工作管理条例》，经教代会原则通过后，连同《基础医学院教研室和实验室工作条例》一起，从2002年9月正式实施，充分调动广大教职工主人翁责任感，集中反映了民主决策、民主管理的时代特征。

1998年9月21日，全校中层领导机构设置调整，撤销基础部，成立广西医科大学基础医学院；撤销中共广西医科大学基础部总支委员会，成立中共广西医科大学基础医学院委员会。金嬿为首任中共广西医科大学基础医学院委员会书记，莫宁为首任院长。12月26日，举行隆重挂牌仪式，卫生厅副厅长刘唐威、校长高枫为学院揭牌。

实施人才教育，必须深化教育改革，从1998年到2003年，学校对教学管理、教学计划、课程设置、教学组织进行了充实和调整。1998年11月24日，增设广西医科大学基础医学院教研科。1998年12月10日，学校决定病理解剖学教研室及实验室划归第一临床医学院管理。1999年6月21日，外语教研室更名为大学外语部。1999年6月20日，生理、药理、病生三个教学实验室合并，成立“实验生理科学实验室”，莫书荣任主任，梁桂宁、陈家欢任副主任。1997年 月 日，体育教研室更名为公共体育部。2001年5月9日，成立药学专业领导小组，该专业和领导小组归属基础医学院管理。2001年9月18日，组织学与胚胎学、微生物与免疫学、寄生虫学、病理学四个教学实验室合并成立“形态学实验室”。2002年3月1日，病理教研室及实验室连同一附院病理科的全体人员及设备划归基础医学院管理。2002年4用1日，生物学教研室更名为细胞生物学与遗传学教研室；生物化学教研室更名为生物化学与分子生物学教研室。

2002年，学校迎来建校68年来最高规格的考试——国家教育部本科教学水平评估。这次本科教学水平评估，无疑是对广西医科大学每位教职工的一次最高规格、最重要的考试，对提高该校本科教学质量、改善办学条件，促进教学管理的科学化、规范化、现代化将起到重要的作用。搞好评估责任重大。对此，学院非常重视，迅速成立迎评工作领导小组和相应的办事结构，确定第一责任人，制定“基础医学院迎接教育部评估工作进度计划表”。先后召开五次全院职工大会，一次全体党员大会，13次教研室主任、党支部书记会议，18次迎评工作领导小组会议，期间召开学院第一届第二次教职工代表大会。广泛动员，认真学习，明确分工，落实责任。唐步坚校长、仇小强、刘华钢和夏宁副校长多次亲临指导。经过广大教职员工的能力，全面系统地整理了挡案材料295多盒，照片资料33盒。顺利通过了教育部专家组的评估。

1999年1月12日，药理学、人体解剖学与组织胚胎学与儿科学、肿瘤学、耳鼻喉科学等五个学科作为学校首批重点学科。

2000年12月，药理学、人体解剖与组织胚胎学，2003年8月，病理学与病理生理学三个学科被国务院学位委员会确定为博士学位授予点。