医院设有消化内科、肝病内科、呼吸内科、神经内科、心血管内科、肾内科、内分泌内科、风湿免疫科、胃肠肛门外科、肝胆腺体外科、神经外科、心胸外科、脊柱外科、妇科、产科、儿科、口腔科、眼科、临床病理科、检验科、超声科等临床和医技科室。其中，国家临床重点专科5个（骨伤科、脾胃病科、肝病科、肿瘤科，护理学），国家中医药管理局重点学科7个（中西医结合临床、中医骨伤科、中医皮肤病学、中医老年病学、中医传染病学、中医预防医学、中医全科医学），国家中医药管理局重点专科4个（骨伤科、脑病科、脾胃病科、肿瘤科），国家中医药管理局重点建设专科3个（心血管科、肝病科、妇科），国家中医药管理局重点培育专科2个（重症医学科、护理学），广西教育厅重点学科1个（中西医结合临床），广西卫生厅重点学科2个（中西医结合消化内科、中医骨伤科），广西壮族自治区重点专科（专病）4个（肺病科、乳腺病科、肾内科、脾胃病科。