直属研究所：甘蔗研究所、玉米研究所（旱粮作物研究所）、水稻研究所、农业资源与环境研究所、园艺研究所、经济作物研究所、植物保护研究所、作物品种资源研究所、农业科技信息研究所、农业经济研究所、生物技术研究所、微生物研究所、蔬菜研究所、广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室、农产品加工研究所、葡萄与葡萄酒研究所、花卉研究所、农产品质量安全与检测技术研究所、广西亚热带作物研究所、广西南亚热带作物研究所。

分院：广西农业科学院桂中分院、广西农业科学院桂西分院、广西农业科学院桂北分院、广西农业科学院百色分院、广西农业科学院桂东南分院、广西农业科学院贺州分院、广西农业科学院北部湾分院、广西农业科学院梧州分院、广西农业科学院贵港分院、广西农业科学院北海分院、广西农业科学院崇左分院、广西农业科学院来宾分院。

重点实验室：农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室、广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室、广西甘蔗遗传改良重点实验室、广西作物病虫害生物学重点实验室培育基地。

改良中心（分中心）：国家糖料改良中心广西甘蔗品种改良分中心、国家水稻改良中心南宁分中心、国家玉米改良中心广西分中心、国家木薯改良中心广西分中心、国家热带果树品种改良中心广西香蕉分中心。

工程中心：甘蔗育种与栽培技术国家地方联合工程研究中心。

现代农业产业技术体系：现代农业产业技术体系功能研究室、现代农业产业技术体系岗位科学家、现代农业产业技术体系综合试验站。

质检中心：农业部甘蔗品质监督检验测试中心（南宁）。

据2018年4月官网资料显示，农科院占地面积400余公顷，建有院本部、里建、明阳、隆安、海南等5个长期固定的科研试验基地，综合实验大楼建筑总面积2.6万平方米，拥有成套科研仪器设备。

2014年，农科院各科研所结合课题研究在全区各地建有试验示范基地400多个。

国家农作物种质资源繁殖更新基地基地于2012年获农业部批准建设，建设单位为广西农业科学院作物品种资源研究所，建设时间为2012年1月至2013年12月。

广西农业良种海南南繁育种基地占地面积793.26亩，整体划分为旱地作物繁育区、水田作物育繁区、水产鱼类育繁区、良种展示区、温室大棚区等五个功能区和一个管理服务中心。基地内土壤为石英质砂土，土层深厚，耕性和透气性好，且有地下河经过基地，有水源保障。适合开展甘蔗、木薯、水稻等农作物杂交育种以及罗非鱼育种与繁殖。

广西农业科学院里建科学研究基地和广西农业科学院里建科技示范基地位总面积约为1650亩（约110公顷），整体划分为“一轴七区一中心”，即穿越基地灌溉渠道而设计的北南流向、长约1.8公里的动态景观轴和包括品种资源保护区、粮食作物试验区、经济作物试验区、园艺作物试验区、高新技术试验区、农业生态环保试验区、农产品加工试验区在内的7个功能区，以及科研培训及管理中心。

基地内土壤成土母质为第四纪红土，基部岩层为石灰岩，地表特征为旱坡地、水田、石山和人工水渠，土地种类齐全，具有广西土壤的广泛代表性，其中坡地约占15%，平地和水田约占85%。土壤有机质含量为2-3%，土层深厚，透水性好。基地附近水源、肥源充足，上游3公里处有灵常水库和大龙潭水库，且有两条水渠穿过整个基地，附近10公里内有三个大型养猪场和一个糖厂，肥料来源充足，便于开展各类农业科研活动。

广西农业科学院种质库于1979年6月在广西人民政府的支持下开始建造，1981年11月竣工并投入使用，是中国第一座成功投入使用的种质库。该种质库运行了29年，安全保存各类农作物种质资源、中间育种材料6.7万份及大量区域试验种子，成为国内运行时间最长、种子保存效果最好的种质库。

2007年，在广西财政的支助下，农科院建成了一座新种质库，采用密集移动种子架和固定种子架存放种子，新种质库于2008年1月接替老种质库投入使用。截至2012年11月，保存有水稻、玉米、花生、大豆、食用豆、麻类、西甜瓜、蔬菜、高粱、小米、薏苡、芝麻、烟草、绿肥、牧草、林木等作物种质资源、中间育种材料7.1万份及大量区域试验种子，其中种质资源5.2万份，中间育种材料1.9万份。

1964年至2014年，农科院先后承担了国家科技部、农业部、国家基金委、省（自治区）科技厅、农业厅及本院等各类科研项目共3517项，已完成科研项目2400多项。

其中，改革开放后，农科院共获各级科技成果奖励项目672项次，其中：国家级40项、省部级361项。通过国家、省级农作物品种审定499个，推广面积达11亿亩。33个品种获得植物新品种权证书。获国家授权知识产权62项，制定并颁布各类标准200多个。出版科技论著210部，发表科技论文6000多篇。

2009年至2014年左右，农科院先后获国家科技进步特等奖1项、国家科技进步二等奖7项，广西科技进步特别贡献奖1项，广西科技进步奖61项，广西技术发明奖1项；培育了桂糖42号、桂单0810、桂两优二号、特优582、桂蕉6号等一批综合性状优良的品种。

据2018年4月官网资料显示，农科院推动市县农科院所改革，分别与12个设区市共建12个分院、与自治区农业厅共建60个县域特色作物试验站。

农科院还实施了“百千万”行动、“百名专家服务现代特色农业（核心）示范区企业行动”，与300多家企业合作，建立了400多个规模种植科技示范基地和技术示范点。

《西南农业学报》（月刊，国际刊号ISSN 1001-4829，国内刊号CN 51-1213/S，CODEN XNXUEF）是由四川、广西、云南、贵州、西藏和重庆六省（区、市）农科院合办的综合性农业学术期刊。

《西南农业学报》为“中文核心期刊”“中国科技核心期刊”“中国农业核心期刊”“RCCSE中国核心学术期刊”及“中国科学引文数据库库源期刊”。

《南方农业学报》（原名《广西农业科学》），创刊于1940年，《南方农业学报》为月刊，国内统一连续出版物编号为CN45-1381/S，国际刊号：ISSN:2095-1191，由广西壮族自治区农业科学院主管主办。

期刊于2011年入选北大中文核心期刊要目总览（2011版），2011入选“中国科学引文数据库”（CSCD）2011-2012、2008、2010年入选“中国科技核心期刊”（中国科技论文统计源期刊）；第五届“全国农业期刊金犁奖”综合类二等奖；第六届“广西十佳自然科学期刊”与国际糖业科技协会（IAPSIT）、越南河内农业大学签署有期刊合作出版协议。

期刊已被英国“国际农业与生物科学研究中心（CABI）”（包括CABA、GH、CABI fulltext）数据库、美国《化学文摘》（CA）、波兰《哥白尼索引》（IC）、英国《动物学记录》（ZR）、美国“乌利希期刊指南”（UPD）、《中国学术期刊文摘》、《中国生物学文摘》、《中国农业文摘》、中国期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊网、中国学术期刊光盘版、中国科学文献计量评价数据库（ASPT），《中国科技期刊影响因子年报》（CST-JIFR 2009）基础研究类统计源期刊等国内外数据库收录。

2002年，农科院博士后科研工作站自获人事部批准设立。前期主要采取与福建农林大学博士后科研流动站联合招收的形式培养博士后研究人员。

2006年，工作站被评为“广西优秀博士后科研工作站”，并在2010年度博士后评估中荣获优秀等级。2011年，获得独立招收博士后人员资格，成为西南片区第一个获得独立招收资格的博士后科研工作站。

截至2016年12月底，共有19位博士后人员圆满完成科研任务并顺利出站。在站博士后人员为7位，其中1位来自印度。

据2018年4月官网资料显示，农科院牵头成立了桂台农业发展与技术交流协会、国际糖业科技协会（IAPSIT）、甘蔗产业技术创新战略联盟、水稻产业技术创新战略联盟等组织平台。

农科院先后与40多个国家和地区、10多个国际组织建立了科技合作关系。在东盟和非洲国家实施了一大批国际合作项目，成为国家引进外国智力成果示范推广基地、国际科技合作基地。

党组书记、院长：邓国富

党组副书记、副院长：林树恒

副院长：陈彩虹、陆宇明（试用期一年）

人事处处长：陆宇明

党组成员、副院长：张述宽