更新时间：2023-05-20 15:53
2019年8月，根据《自治区党委编办关于调整自治区农业农村厅所属事业单位机构编制事项的批复》（桂编办复〔2019〕106号） ，广西壮族自治区渔政指挥中心原属广西壮族自治区海洋和渔业厅直属事业单位，整建制划归广西壮族自治区农业农村厅管理。
自治区渔政指挥中心的前称为自治区渔业指挥部办公室（渔政处）。2011年12月，自治区机构编制委员会《关于广西渔业安全应急中心有关机构编制问题的批复》（桂编〔2011〕137号），同意自治区渔业指挥部办公室增挂广西渔业安全应急中心牌子。
2013年2月，自治区机构编制委员会《关于自治区水产畜牧兽医局所属事业单位清理规范意见的通知》（桂编〔2013〕89号），同意自治区渔业指挥部办公室更名为自治区渔政指挥中心，明确自治区渔政指挥中心是自治区水产畜牧兽医局管理的相当正处级全额拨款事业单位，增挂广西渔业安全应急中心牌子，核定全额拨款事业编制25名，其中处级领导职数4名，主要职责是承担渔政管理和渔业安全应急的事务性工作。
2014年，自治区编委（桂编发[2014]31号）同意自治区渔政指挥中心（广西渔业安全应急中心）增核1名全额拨款事业编制专项用于接收当年安置的军队转业干部，核定全额拨款事业编制26名。
2015年3月16日，自治区机构编制委员会《关于自治区水产畜牧兽医局所属事业单位分类意见的批复》（桂编〔2015〕43号），明确自治区渔政指挥中心（广西渔业安全应急中心）为承担行政职能的事业单位。
2018年1月，自治区机构编制委员会办公室《自治区编办关于划转原自治区海洋局和原自治区水产畜牧兽医局所属事业单位有关事项的批复》（桂编办复〔2018〕6号）将自治区渔政指挥中心（广西渔业安全应急中心）整建制划转自治区海洋和渔业厅管理。
2019年8月，中共广西壮族自治区委员会机构编制委员会办公室《自治区党委编办关于调整自治区农业农村厅所属事业单位机构编制事项的批复》（桂编办复〔2019〕106号）将自治区渔政指挥中心（广西渔业安全应急中心）整建制划转自治区农业农村厅管理，并由行政类调整为公益一类事业单位，领导职数和编制数量不变。
2020年2月11日，中共广西壮族自治区委员会组织部《关于同意广西农业外资项目管理中心等14个单位参照公务员法管理的函》（桂组函字〔2020〕90号），重新认定自治区渔政指挥中心（广西渔业安全应急中心）为参照公务员法管理单位。
广西壮族自治区渔政指挥中心承担渔政管理和渔业安全应急的事务性工作的职能。
内设有办公室、财务科、渔政执法科、资源环保科、法规科、信息管理科六个科（室）。