1959年，成立中国科学院广西分院，1961年撤销。

1980年10月，重建了广西科学院，下设植物研究所、海洋研究所、物理研究室、生物研究室和计算中心等5个研究单位。

2021年7月18日，广西科学院遥感测绘研究院揭牌。

2022年11月11日，广西大数据学会成立，广西科学院为广西大数据学会理事单位。

2023年7月，广西科学院成立心理研究中心。

2023年11月，广西科学院细胞与再生医学研究中心在南宁成立。

建院以来，组织完成了广西海岸带和海涂资源综合调查项目，成果获得广西科技进步一等奖。作为项目承担单位参与完成了广西海岛资源综合调查和开发试验、广西大比例尺海洋功能区划等一批科研项目以及正在负责指导开展的广西海域勘界技术工作。参与广西蓝色计划、广西海域使用管理暂行规定等海洋法规和条例的制订和修正工作，以及广西沿海地区海洋经济发展规划研究工作。作为技术负责人完成了广西合浦百曲围填海工程可行性论证、北海金海湾填海工程可行性论证、北海银滩建设工程（二期）可行性论证、钦州湾建港前期工程可行性论证、涠洲岛南湾综合服务区填海工程可行性论证、西南成品油管道一期（海域部分）工程环境影响评价等一批涉海工程项目技术论证。以及完成了广西沿海钦州港、防城港、北海港、铁山港及其邻近海域的环境调查、广西近岸环境污染扩散动力机制与预测、广西近海环流的特殊现象及其产生机制等一批科研项目的研究工作，取得了多项科研成果，积累了较为丰富的海洋环境影响评价、海域使用论证、海洋外业调查与内业分析、海洋管理与开发规划制订等方面的实践经验。工作成果为广西区政府实施沿海地区海洋经济开发提供了科学依据。