首先将RFLP探针进行序列分析，然后根据其设计出长度为20个左右的一对引物，对基因组DNA进行PCR扩增，最后进行电泳检测分析。由于它涉及到DNA测序工作，因而只能对少数位点进行分析；此外，这一技术所包括DNA片段（500~3000bp）远小于RFLP探针（可至10~20kb），所以RFLP探针所检测的多态性并不一定都能通过STS方法检测到。与其他基于PCR的方法一样，一旦获得引物，STS方法便与RAPD分析同样简单、迅速。

STS是对以特定对引物序进行PCR特异扩增的一类分子标记的统称。通过设计特定的引物，使其与基因组DNA序列中特定结合位点结合，从而可用来扩增基因组中特定区域，分析其多态性。利用特异PCR技术的最大优点是它产生信息非常可靠，而不像RFLP和RAPD那样存在某种模糊性