得到消息的阿尔塔薛西斯，随即让提萨费尼斯担任自己的首席谋臣。后者的手下中，还有一个叫法利努斯的希腊人。后来正是他们的出谋划策，让波斯大王度过了难关。

小居鲁士虽然拥有5万多精锐部队，却还不敢公开与自己的兄长为敌。他只能靠手里截留的赋税，引诱部下前进，并对外宣称有10万大军。此次行动，只是去讨伐小亚南部的山地蛮族。

一场漫长的苦难行军就此开始。当他们进入小亚细亚半岛东南，毗邻叙利亚的奇里乞亚时，粮饷已经耗尽。好在奇里乞亚王国的王后是他的姘妇。于是，这个半岛南部的小粮仓，及时为叛军提供了必须的补给和资金。 小居鲁士接着靠哄骗与利诱，将5万叛军带进了叙利亚。

事情到了这个地步，借口已经难以服众。小居鲁士索性公开了自己的篡位计划。他还继续以老手法，为部下画起了超级大饼。一旦士兵们为他夺得波斯王位，就将获得额外的双倍工资。士兵们见此时已经身在叙利亚，难有回头之路，便同意为巨额激励而战。叛军由此渡过幼发拉底河，并沿着河道南下。按计划，他们将从两河之间最短的一段路线，渡过河流，进击巴比伦。

虽然叛军在一路上没有遭遇太大抵抗，但行军过程本身并不轻松。在他们进入叙利亚之前，阿尔塔薛西斯二世便在提萨费尼斯的建议下，对叛军可能通过的路线，坚壁清野。小居鲁士自知在兄长的绝对力量面前，没有多大胜算。所以他一直希望以较快的速度前进，避开那些防御严密的大城市，直取巴比伦。 但当军队出现补给困难，没有后勤基地的他，只能忍受部队松松垮垮的缓慢前进。

无论是来自爱琴海两岸的希腊雇佣军，还是小亚内陆的本土部队，其实都对波斯帝国的核心地带没有什么详细概念。尽管行军过程越来越艰苦，但眼看距离巴比伦城越来越近，也没有大王的军队赶来阻挡。所以，大部分人对于胜利都深信不疑。即便是小居鲁士本人，也在轻松愉快的气氛下指挥军队。全军都将盔甲等辎重放置在驮兽或辎重车上，犹如武装游行。

另一方面，阿尔塔薛西斯的勤王大军，则从帝国的其他省份，源源不断的赶往巴比伦。虽然按照小居鲁士的估计，那些来自波斯本土、米底和东部省份的部队，需要一个比较长的时间来完成集结。但依靠波斯帝国出色的公路系统，不少人还是赶在叛军之前，抵达了美索不达米亚平原。

终于，完成初步集结的波斯王军，从巴比伦出击。他们原本准备在更前沿的地区迎战，并为此挖掘了一条又长又宽的壕沟。但在提萨费尼斯或法利努斯的建议下，波斯王军放弃了掘壕固守的呆板战法。全军向北撤退，在库那克萨村附近，挡住了北上的叛军。

在步入库那克萨的战场之前，小居鲁士麾下的叛军们，都没有同波斯大军作战的经验。那些亚洲部队，基本上不可能同波斯人对阵。而希腊雇佣军也只有从前一代的叙述中，对波斯军队有一个笼统的优越感。至于小居鲁士本人，也不曾有过大规模作战的经验。

两支军队都靠着底格里斯河的河岸列阵，并且都希望从右翼发起决定性的猛攻。相对而言，小居鲁士的部队部署，较为清晰：

右翼是10000名精锐的希腊重步兵，2500名来自希腊和色雷斯地区轻盾标枪手，以及数量不多的克里特弓箭手。他们的右边，还有1000名小居鲁士派来的安纳托利亚轻骑兵掩护。

左翼是40000人的小亚细亚本土部队。其中除了波斯驻军外，也包括了大量来自弗里吉亚、卡帕多西亚和卡里亚、奇里乞亚的部队。他们的左侧也有不少骑兵当地骑兵掩护。

小居鲁士本人，与600名精锐骑兵组成的近卫队一起，将部署于军队的第二线中央。由于部队数目较少，他必须拉长战线，避免被兄长的大军包围。这样一来，叛军也就基本上没有了成规模的二线预备队。所以， 他非常希望通过右翼的希腊部队，以摧枯拉朽之势，击垮兄长的大军。

阿尔塔薛西斯二世的王军则规模大出很多，在古希腊历史作者的笔下多达奇幻的120万。但现代学者大部分认为，勤王军的总数最多只比叛军多出一倍。这个数量优势足以让王军拥有足够的预备队，并在后来的战斗进程中发挥了作用。

阿尔塔薛西斯本人乘坐战车，位于全军的中心位置。在他的身边，有将近千名精锐骑兵保护，也包括了著名的不死军部队。

王军的右翼是主攻位置，应当包括了来自米底等地的本土部队。但最重要的还是使用大型盾牌的埃及重步兵。这些人的家乡已经在数年前脱离帝国控制，让他们成为了远离家园的雇佣军。

而在左翼，波斯人也布置了相当精干的部队。大量的波斯步兵被放置于此，受法利努斯的指挥，侧翼也有提萨费尼斯指挥的大量骑兵。前者作为一个希腊人，非常熟悉希腊步兵的作战方式。后者长期与希腊人打交道，并介入伯罗奔尼撒战争，也是一个希腊通。他们的阵列前端，还有一批用于冲散敌阵的卷镰战车。

更多来自希尔卡尼亚、埃兰、巴比伦本地、巴克特里亚和帕提亚的步兵也会出现于阿尔塔薛西斯的军队中。 他们不是山地标枪步兵，就是使用长矛近战的弓箭手。 因而多数被部署在第二线，或在第一线前端担任散兵部队。

战前，为了鼓舞士气，哄骗部众为自己而战。小居鲁士曾经夸下海口，称波斯大王的军队杂乱无章、不堪一击。但当阿尔塔薛西斯的军队，以严密的阵列出现于他们面前，几乎所有人都惊呆了！

库那克萨不仅是波斯王室成员之间的一次火拼，也是千年来，西亚与地中海军事发展史的一次巡礼。

作为走在时代最前端的希腊人，以他们擅长的重步兵方阵样式，发起了叛军的第一波进攻。这些来自南欧山区的雇佣军，已经在伯罗奔尼撒战争中，磨练出了当时最为先进的步兵战术。全军可以在前进中，快速的由行军纵队转为作战横队。较为严格的训练与作战经验，也能使得希腊重步兵在小跑或全速冲锋时，保持队伍正面的整齐。交战双方都明白，以传统亚洲步兵去硬抗这些恐怖的铁人，只怕凶多吉少。

不过，波斯左翼的提萨费尼斯，对希腊军事风格非常了解。在当时，波斯帝国西部省份的很多总督，都会雇佣数量不等的希腊士兵。所以，他针锋相对的要求左翼步兵不要接战，在对方进入一支箭的射程距离时，就开始后撤。纵观整个帝国，具备在这种重压下还不凌乱的部队，除了希腊人就是波斯人自己了。

虽然波斯人的步兵战术相比希腊的来说，是有些滞后的。但他们毕竟是曾经纵横天下的第一步兵。他们也是历史记载中，最早使用横队拉长战线，并能够在交战中稳步后撤的步兵力量。10人纵深的方阵，依靠数量优势，大体与叛军右翼的希腊人线列持平。法利努斯明白，希腊人会在进入弓箭实际射程后进行冲锋。所以选择在这个节骨眼开始后退。阵前的卷镰战车被用于延缓希腊人的进攻步伐。然而希腊重步兵仅用冲锋与敲击盾牌的方式，就击溃了其中的大部分。只是，要想同波斯步兵肉搏，是没戏了。

由于缺乏大规模作战经验，小居鲁士在开战前一刻，还在不断催促克利尔库斯快点进攻。这种急躁，不仅在于自己所承受的巨大压力，也因为他其实并不熟悉自己麾下的希腊和亚洲部队。

毕竟，相比快速转换队形的希腊人，小亚细亚半岛的步兵们连波斯人的水平都没有。他们中的重装部队，还习惯于使用苏美尔时代就存在的100人纵深的方阵。轻步兵则在方阵的两翼进行掩护。更要命的是，他们在机动性、反应能力上，都远远不及波斯和希腊的步兵。因而在希腊人已经在右翼完成整队时，他们中的大部分人，实际上还处于列阵未完成状态。急不可耐的小居鲁士，自然等不及这些土著部队。而且希腊人的前进与土著部队的滞后，让整个叛军的战线出现了断裂。为了填坑，小居鲁士只能亲率600精锐骑兵出击。

此时的波斯王室部队，也因为左翼的后撤与右翼的前进，而出现了一个缺口。小居鲁士非常清楚自己的兄长会身居何处。于是他与600勇士一起，发动了斩首行动。他们很快遭遇到了波斯近卫骑兵的阻击。小居鲁士还在中距离内，用标枪射爆了指挥官的喉咙。然而当更多二线援军赶到，势单力薄的叛军分队还是被压制下去。谋逆者最后被大王的近侍们群殴而死。

至于已经追随波斯军队左翼前进的希腊人，此时还是出于非常难受的境地。一些人认为，是克利尔库斯的犹豫不决，失去了及时出兵打敌军侧翼的机会。但他的困扰，正是因为其丰富的战争履历。当你面对有一支根本没有溃退迹象的敌军存在，你还有心思分兵他路吗？

那些叛军左翼的亚洲部队，也在小居鲁士阵亡后，遭到了王室军队的猛击。阿尔塔薛西斯麾下的埃及重步兵，以古老的百人纵队，徐徐前进。对于立足未稳的敌军而言，这样一座移动堡垒的靠近，还是非常具有威慑力的。更多波斯和东部来的步兵，则不断从二线涌来，在两翼包围了逐渐完成的叛军左翼。小居鲁士的左翼部队，就这样在正面方阵--两翼弓箭手的古老战术下， 土崩瓦解。

至于这一战术的总设计师提萨费尼斯，也在战线其他各处开打后，率领骑兵出击。他不仅打败了叛军右翼的安纳托利亚轻骑兵。也在之后的侧击中，重创了希腊人带来的轻步兵部队。若非弓箭手不少随着重步兵前冲，希腊人可能会在之后的磨难中，失去全部的远射力量。一不做二不休的波斯骑兵，还顺道杀入了希腊人的营地，将财物与战利品，一扫而空。

库那克萨战役，在开始前就已经注定了结局。小居鲁士可以是风度翩翩的情夫公子哥，也可以是夸夸其谈的王室贵胄，甚至于战场上以一敌十的勇士。但他既不是聪明的政治家，也不是善战的将领。

另一方面来看。库那克萨的结局，与其说是小居鲁士的鲁莽，不如说是阿尔塔薛西斯一边，对于不同军事资源的合理运用。双方的部队中，都出现了上古-波斯-希腊，三个发展阶段的步兵。这些风格迥异的部队，犹如赛马场上的上中下三等骏马。谁能更科学合理的运用手里的牌，谁就更接近最后的胜利。懂得克制的一方，往往在这种较量中，更有优势。

此外，知己知彼的重要性，也在战争中反复浮现。阿尔塔薛西斯二世的阵营里，既有与小居鲁士共事过的人，也有熟悉希腊军队的边才。反观叛军一边，大部分人对扎格罗斯山脉以南的世界，可谓一无所知。