正德二年（1507），遭刘瑾裁革，正德五年（1510）复置。正德十四年（1519），徽州府划归浙江巡抚。

嘉靖元年（1522），复辖徽州府。湖广安陆州原为郧阳抚治所辖，后作为世宗出生地，升为承天府，嘉靖十四年（1535），隶属应天巡抚，隆庆时复属郧阳抚治。嘉靖三十三年（1554），为抵御倭患，加提督军务。

崇祯十年（1637），安庆、太平、池州三府划归新置的安庐巡抚。

清初裁革，江宁（应天）、苏州、松江、常州、镇江五府划归新设江南巡抚，徽州、宁国、广德并安庆、太平、池州划归新设操江巡抚。

海瑞（1514~1587），字汝贤，号刚峰，海南琼山（今海口市）人，明朝著名清官。隆庆三年（1570）夏，出任应天巡抚，任上兴修水利、打击豪强、安抚贫弱，深受普通百姓爱戴，但也因此得罪士绅，受给事中弹劾，于同年冬去职，改督南京粮储。

明代应天巡抚权势尤重，叫法不一，大抵有如下几种情况：

（一）应天巡抚。因辖区包括留都所在的应天府而得名。除了《明史·职官志》外，《海瑞传》中有“以右佥都御史巡抚应天十府”，《阉党传》中有“应天巡抚毛一鹭请建魏忠贤生祠”，《曹邦辅传》中有“拜右佥都御史巡抚应天”。

（二）苏州巡抚。因巡抚驻地在苏州而得名。谈迁《明季北略》的《周顺昌被逮》中有“周起元，苏州巡抚”句，用此名。

（三）苏松巡抚。因苏州府和松江府是辖区内最富庶繁荣的地区，而且整个辖区常被称作“苏松地区”而得名。《明史·胡宗宪传》中有“苏松巡抚曹邦辅歼倭浒墅”，《周起元传》有“天启三年，擢右佥都御史巡抚苏松十府”，孙承泽《天府广记·吏部》列举天下巡抚时称“辽东、宣府、大同……淮凤、苏松各边腹巡抚”，都用了此名。

（四）南畿巡抚。因辖境在南畿（南直隶）之内且系南畿的主要地区而得名。《明史·熊概传》中有“宣宗擢概大理寺卿，与叶春往巡抚，南畿、浙江设巡抚自此始”，始用此名。

（五）江南巡抚。因辖境主要是南直隶的江南地区而得名。《明史·周忱传》有“宣德五年九月，迁忱为工部右侍郎巡抚江南十府”，始用此名。

（六）吴抚。因以苏、松为中心的这一地区为古代的吴国和吴郡之地，时人也习称苏州府为“吴郡”而得名。《明史·海瑞传》有“瑞抚吴甫半岁”，《五人墓碑记》有“以大中丞抚吴者”，都用了这一更为简化的名称。

综上所述，明朝“抚吴”的巡抚这一职官的简称，至少就有六个。它们都有出处，有根据，是合理的。可是高中语文课本和一些古文选本把《五人墓碑记》中的“抚吴”释为“做（担任）江苏巡抚”，却违背了起码的历史事实，所以不但当时的典籍里没有这个名称，而且现在和今后都不能这样注释或翻译。根本原因在于“江苏”作为一个政区地理名称，是直到清朝才有的。据《清史稿·地理志》：“江苏省，明为南京。顺治二年改江南省。康熙元年分建安徽为省。六年更今名。”一般认为，江苏省的名称是取江宁、苏州二府名的首字合成；安徽省所取是安庆、徽州二府名的首字。既然有明一代从未有过“江苏”这一行政区划或地理名称，那么明朝也就绝对不会有“江苏巡抚”这个职官了。

明末张溥的《五人墓碑记》，因入选清初康熙年间选编的《古文观止》即流传颇广。清末民初，又被最早广泛使用的《中学国文教科书》（吴增祺选编，商务印书馆出版）所选用，嗣后，基本上成为各个历史时期的中学国文和语文的传统教材。

改革开放以来新编的高中语文课本，几经修订，《五人墓碑记》一直都是重点篇目之一。课本对文中“以大中丞抚吴者”所做注释如下：“以‘大中丞’职衔做江苏巡抚的人，指毛一鹭。中丞，御史。抚，这里做动词用，担任巡抚的意思”。

按：把“抚吴”释为“担任吴地的巡抚”，坐实此人是毛一鹭，都是正确的。可是所谓“以‘大中丞’职衔做江苏巡抚”“中丞，御史”云云，则实在错误太多。据《明史·职官志》，知巡抚是封疆大员，照例带有“都察院右副都御史“或”右佥都御史“的职衔。而明代的“都御史”和唐宋时的“御史中丞”相似，世俗常尊称包括“巡抚”在内的都察院副、佥都御史们为“中丞”或“大中丞”。所以 “以‘大中丞’职衔”的说法，很不妥当。把“中丞”释为“御史”，是为荒谬。

问题尤为严重的是把明朝这个“抚吴”的巡抚释为“做江苏巡抚”， 更是有悖史实的。其实早在1984年和1987年，《中学语文教学》上就发表过文章，认为“江苏巡抚”的说法不当。可是，今年再版的高中语文课本，却仍然一字不改地沿用旧注，而且1988年的新编教训参考书里，重又使用了已被1987年“教参”所屏弃了的“江苏巡抚说”。又，近年来出版和重印的某些《古文观止》的注释和译文，如中国书店“据世界书局1936年版影印”宋晶如注释的本子（自1982年8月到1993年7月，印了六次，共五万七千册）和附有东北某大学一位颇有名气的教授的译文的本子等，也都注释或翻译做“江苏巡抚”。看来要想纠谬，有必要对这个被称为“抚吴”的明朝职官做一点具体的考释。

查《明史·职官志·都察院》，有“总理粮储、提督军务兼巡抚应天等府（1）一员”，并附有注释：“宣德初年，从命侍郎总督粮储兼巡抚；景泰四年，定 佥都御史；嘉靖三十三年，以海警加提督军务。驻苏州。”这里说的“一员”，就是通常被称为“抚吴”的巡抚或“抚吴者”。所附注释则说明了这一职官设置的经过，从中可以知道其职权的不断加重，并说明巡抚的衙暑设在苏州。不过，《职官志》所写的还并非这一职官的全部名衔，因为明朝的巡抚照例要带着都察院“右副都御史”或“右佥都御史”的职衔。所以在正式的文告里它的全称应是“都察院右副（按：或“右佥”）都御史、总理粮储、提督军务 兼巡抚应天等府”，长达二十馀字之多。

明朝各地的巡抚，其职官的全称都很长，通常很自然地都用简称，如“山东巡抚”、“山西巡抚”、“辽东巡抚”、“延绥巡抚”等，个别的还可以把一些地名有简称的更加简化，如称“山东巡抚”为“东抚”、“登莱巡抚”为“登抚”、“苏州巡抚”为“吴抚”。一般说来，某地巡抚的简称都是固定的，如“顺天巡抚”、“保定巡抚”、“大同巡抚”、“宁夏巡抚”、“浙江巡抚”、“四川巡抚”、“南赣巡抚”等等。唯独这个“抚吴”的巡抚，由于其所统辖的地区并非一个省，仅是南直隶的江南地区，没有一个正式的和通用的地区名称，便形成了简称特别多的纷繁复杂情况，以至在清初官修的《明史》里，说到这一职官时都名称不一，更不必说在野史和普通文章之中了。

再看明清两代对同一个事件的描述，对应天巡抚的称呼就用了“中丞”、“抚臣”、“巡抚”三个不同的词汇。“公（袁可立）为苏理时，郡守石昆玉以廉直忤中丞，中丞露章劾之。事下四郡，四郡推公秉笔，公伸牍尽雪其冤。”（明 黄道周 《节寰袁公传》）“……抚臣大恚曰：‘袁李官（袁可立）廷我耶，岂石氏之无颇？’因自劾。”（明 王铎《太子少保兵部尚书节寰袁公神道碑》）“知府石琨玉廉而义，直忤巡抚意，被劾。可立雪其冤，巡抚不能夺。”（清 康熙《睢州志·袁可立传》）

至于清朝，既以“江苏”为新建的一个行省，又将“巡抚”定为一省的最高军政长官，当然也就有“江苏巡抚”了。不过，还应说明的是：清朝的江苏巡抚和明朝“抚吴”的巡抚所管辖的地区，是有很大差异的：明朝是把“南直隶”基本上分为江南和江北两大部分，各设巡抚（江北晚）；清朝是把前明的“南直隶”先改称江南省，继而划分为东、西两大部分即江苏和安徽两个省分的。所以，明朝的“抚吴者”所辖地区大体相当于今之苏南、皖南地区。而清朝的江苏巡抚所辖地区则和今天的江苏省相当。由此可知，即从所辖地区来2，也不应把《五人墓碑记》中的“抚吴者”注释和翻译成江苏巡抚。