十一年，广东巡抚耆龄檄剿阳山贼。贼踞蓝山，地阻绝，负隅十馀年。国器缘崖历磵出贼后，破石栅九，夺炮台，毁其老巢。遣子熊飞单骑说降剧贼练四虎，其魁梁柱走猪头寨，穴山攻获之。进军赫岩，擒贼渠周裕等。蓝山平，擢知府。

同治元年，援浙，从蒋益澧围汤溪，明年春，克之，擢道员。三年，克馀杭，功最多，授福建延建邵道，始专统一军。粤匪汪海洋犯闽，陷武平、永平，李世贤踞漳州、龙岩与之合，旁郡县多没於贼。左宗棠议三路进兵，国器自请当龙岩。进军雁石，令熊飞壁铁石洋，三战薄城下，破其众数万，并败古田援贼。四年正月，遂克龙岩。贼走永定，分踞苦竹、奎洋，势犹炽。国器进击苦竹，乘夜大雾，火贼营，破二十馀垒。海洋以悍党来援，败之於东阬，又败之大溪，乃窜广东大浦境。未几，海洋复犯永定，国器驰毁罗滩桥；贼分七路来扑，海洋自阵狮龙岭，所部皆死党，旗帜遍岩谷。国器曰：“贼精锐尽萃於此，若摧之，馀众必奔。”乃坚壁深沟，伺怠出击。先破其伏，分道猛进，斩馘数千，尽获其军实，海洋跳而免。时漳州亦下，李世贤西遁，遇国器於塔下，纵兵击之，降其众二万人。海洋走广东，踞镇平。国器进壁镇平东南高思塘，分军扼程官埠，贼数来犯，却之。国器知海洋将袭高思而虚攻程官埠，乃戒程官军勿为动，设伏两山间。海洋果率悍党来扑，诱入，伏突起，枪毙其枭汪大力、黄十四，海洋伤腕，阵毙及堕岩磵死者无数。胡瞎子攻程官，亦败走。寻克镇平。十二月，会诸军击贼嘉应，海洋伏诛，馀孽悉平。