1939年8月牛赖特发表了一项声明，对破坏活动提出警告并宣称：“对一切破坏活动不仅要向个别肇事者追究责任，而且要株连全体捷克人。”1939年9月1日，当战争爆发之际，八千名捷克斯洛伐克的知名人士被保安警察逮捕而受到“保护性”拘留。他们当中许多人由于遭受折磨而死在集中营里。

1937年11月5日，冯·牛赖特参加了霍斯巴赫会议。希特勒的发言使他大为震惊，乃至心脏病发作。不久后他即请求辞职。1938年2月4日，在冯·弗里奇和维尔纳·冯·勃洛姆堡被免了的同时，他的辞职获准。在占领奥地利期间，他又主管外交部。他曾向英国大使保证说，这一事件并不是由于德国的最后通牒引起的。他并通知捷克斯洛伐克公使，德国打算继续维护与捷克斯洛伐克签定的仲裁条约。冯·牛赖特曾参加签订慕尼黑协定之前的最后阶段的谈判。但他却申辩说，他参加这些谈判，主要是为了尽最大努力使希特勒能通过和平方式解决这些问题。

牛赖特担任外交部长时曾于1933年10月14日就退出裁军会议和国际联盟一事向希特勒提出过建议，也曾于1935年3月16日通过有关义务兵役制的法律以及于1935年5月21日通过德国秘密国防法对推行重整军备提出过建议。1936年3月7日希特勒作出重新占领莱茵兰的决定时，牛赖特也曾发表过关键性意见。他还预言说，这一行动不会遭到任何来自法国方面的报复措施。1936年5月18日，他对美国驻法大使说：“在解决莱茵兰之前”，不会采取任何外交行动，这是德国政府的政策。只要莱茵兰的防御工事一旦修筑完毕，中欧的国家就会明白，法国不可能随心所欲地进犯德国了，那么所有这些国家在外交上将会彻底转变态度，“就不会出现新的形势”。1936年6月18日为缔结海军协定而进行的谈判中，他发挥了举足轻重的作用。

1939年10月和11月，捷克斯洛伐克大学生多次举行游行示威。结果希特勒下令查封所有的大学。一千二百名学生被监禁，九名游行的领导人被保安警察和党卫队保安勤务处枪杀。1940年8月31日，牛赖特向拉默斯递交了一份由他起草的备忘录，其中谈到了保护国的前景；同时还递交了一份由汉斯·弗兰克起草而经他同意的备忘录，内容同上。两份备忘录均谈到日尔曼化的问题，还建议，多数捷克人在种族方面应被吸收纳入德意志民族。两份备忘录都主张清除可能反对日尔曼化的捷克斯洛伐克知识分子和其他集团。牛赖特的备忘录建议采取驱逐方式，而弗兰克的备忘录则建议采取驱逐或其他“特别处置”。

但是冯·牛赖特也曾向保安警察和党卫队保安勤务处主张释放1939年9月1日被捕的许多捷克斯洛伐克人和稍后在秋季被捕的大学生。1941年9月23日，他被希特勒召见，并被告知，他的所作所为过于严厉，故派莱因哈德·海德里希前往保护国以镇压捷克斯洛伐克的抵抗团体。冯·牛赖特试图劝说希特勒改变派遣海德里希的主张，而当未有成效时，他便提请辞职。辞呈未被获准，他就在1941年9月27日离职休假，从此之后拒绝再担任保护长官之职。1943年8月他的辞呈正式获准。

在战后的纽伦堡审判中，国际军事法庭判决冯·牛赖特有罪，被判处十五年徒刑。