1997年3月，康绍忠担任黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室副主任（至1999年6月）。同年获得国家杰出青年科学基金资助。同年领导的团队被中国科学院授予“优秀科研团队”称号。

1998年8月，康绍忠作为访问学者，前往以色列农业研究组织水土与环境科学研究所研修3个月。

1999年10月，康绍忠作为访问学者，前往澳大利亚CSIRO水土所、维多利亚持续灌溉农业研究所研修（至2000年5月）。

2000年7月，康绍忠担任西北农林科技大学水利与建筑工程学院院长（至2001年7月）。同年12月担任教育部旱区农业水土工程重点实验室主任（至2003年12月）。

2002年，康绍忠调入中国农业大学工作。

2003年12月，康绍忠担任中国农业大学中国农业水问题研究中心主任。

2011年，康绍忠当选中国工程院院士，隶属于农业学部。

2013年，康绍忠入选国家自然科学基金委员会优秀创新研究群体。

2022年7月，任中国工程院第八届主席团成员。

2024年3月22日，当选中国“节水大使”。

康绍忠发展了旱区土壤-植物-大气连续体水热传输与水碳耦合理论及作物耗水计算方法，提出了旱区主要作物的需水指标与灌溉制度，创建了基于生命需水信息的作物节水调质高效灌溉理论与技术体系，建立了旱区流域尺度面向生态的水资源合理配置与调控理论及应用模式。

截至2019年3月，康绍忠先后在中国国内外期刊公开发表学术论文500余篇，其中SCI收录176篇、EI收录150篇，SCI引用5000余次，H指数（Web of Science）45；连续5年入选Elsevier“2014、2015、2016、2017、2018年中国高被引学者榜单”。康绍忠先后主著和合著学术著作与教材16部，其中《西北旱区流域尺度水资源转化规律及其节水调控模式—以石羊河流域为例》《农业水土工程专论》《中国节水农业》《中国北方主要作物需水量与耗水管理》获国家科学技术学术著作出版基金资助，《海河流域农田水循环过程与农业高效用水机制》获得国家出版基金资助，《土壤-植物-大气连续体水分传输理论及其应用》《西北地区农业节水与水资源持续利用》分别获得1992年水利部首届优秀水利科技专著出版基金和1996年首届中华农业科教著作出版基金资助。《西北地区农业节水与水资源持续利用》获得2001年度国家优秀科技著作三等奖，《西北旱区流域尺度水资源转化规律及其节水调控模式—以石羊河流域为例》2011年被国家新闻出版署评为全国“三个一百”原创性图书出版工程。

截至2019年3月，康绍忠先后组织了International Conference on Water-saving Agriculture and Sustainable Use of Water and Land Resources in Arid and Semiarid Areas，Improving Water Use Efficiency in Agriculture—from Molecular to Regional Scale，Water and Food Security under Changing Environments，Hydrological Processes in Agro-ecosystems and Sustainable Water Resources Management in Arid Land under Changing Environments，Responses and Adaptations of Plants and Ecosystems to Changing Enviroments，Agro-hydrological Model and Precision Water Management以及中国农业工程学会农业水土工程专业委员会第一至八次学术年会和石羊河论坛等一系列中国国内外学术会议。

截至2019年3月，康绍忠先后主持和参加40余项国家“973”计划、国家“863”计划、国家重大科技攻关计划、国家自然科学基金优秀创新研究群体基金、国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金重大研究计划集成项目、国家自然科学基金面上和青年项目、国家公益性行业专项计划项目、国家农业科技成果转化项目、“111”学科创新引智计划项目、国际科技合作与交流专项、中国工程院战略咨询项目及其它部省攻关与基金和国际合作科研课题，其中从1989年开始先后主持各类国家自然科学基金项目21项。

截至2017年12月，康绍忠先后获ICID国际农业节水技术创新杰出贡献奖1项、国家科技进步一等奖1项、国家科技进步二等奖3项、国家自然科学二等奖1项。

截至2019年3月，康绍忠先后为博硕士研究生系统主讲过《科研诚信与学术规范》《科学研究方法》《水文学及水资源专论》《农业水土工程专论》《土壤水动力学》《生态水文学》《灌溉原理及其应用》《农业水文学》等课程。为本科生主讲过《中国水问题与科学应对》《农田水利学》《土壤与水》等课程。

截至2019年3月，康绍忠先后指导全日制硕士研究生72人、博士研究生75人，工程硕士4人；指导博士后6人、访问学者3人。培养的研究生获全国百篇优秀博士论文奖2人、提名奖1人、省级优秀博士论文奖3人，培养的博硕士研究生已有39人晋升为教授、研究员或教授级高级工程师；指导本科毕业论文和URP100余人次。

康绍忠发起成立中国农业工程学会农业水土工程专业委员会，并任第一、二、三届主任；创建旱区农业水土工程教育部重点实验室，发起成立中国农业水问题研究中心，创建农业部作物高效用水武威科学观测实验站，领导建成了中国第一个农业水土工程国家重点学科，领导建设了“农业高效用水”学科创新引智基地；发起成立全国农业高校水利土木类专业教材编审委员会并任主任；主持全国农业工程一级学科博硕士学位授权点申请基本条件和核心课程指南编写；多次主持和参与全国农业水土工程学科发展战略报告编写，主持和参与国家自然科学基金委水利科学与海洋工程学科发展战略报告编写，多次参与国家相关部委的战略咨询研究。

截至2019年3月，康绍忠先后获国家优秀教学成果二等奖2项、陕西省优秀教学成果特等奖1项、北京市优秀教学成果一等奖1项，全国研究生教育教学成果特等奖1项（当届唯一的特等奖）。

康绍忠严于律己，在工作和生活中都给学生树立了榜样。比起教授学生知识，他更注重方法的指导和科学精神的培养。他看待学风是严谨再严谨，对学生的每一篇论文稿件都会逐字逐句耐心修改，就连标点符号都要达到标准。（央视网评）

康绍忠是中国著名的农业水土工程专家，长期从事农业高效用水与水资源研究，在中国农业水土工程领域做出了一系列开创性贡献，为促进农业水土工程学科发展和提升国际影响力做出了杰出贡献。（广西大学评）