在室利佛逝年代，廖内群岛就已成为重要的贸易基地。室利佛逝帝国瓦解后，廖内群岛归属马六甲苏丹国（中国史书称“满剌加”）。

1511年，葡萄牙攻占马六甲，马六甲苏丹转移至廖内群岛继续统治，称“柔佛苏丹”或“柔佛-廖内苏丹”，使得廖内群岛成为马来文化的中心。

18世纪，英国势力渗入马六甲海峡，柔佛苏丹逐渐落入英国的保护。1824年，英国和荷兰签署条约，规定肢解柔佛苏丹国：新加坡以北（包括新加坡）的领土归英国，廖内群岛归属荷兰。

印度尼西亚独立后，廖内群岛一直归属廖内省管辖。

2004年，印度尼西亚政府决定将廖内群岛以及南海内的纳土纳群岛划为独立的廖内群岛省。