权归安，粤逆自广德进窥湖州，宗元建议：“湖州四面阻山，有险足恃，且城多富室，粟刍无虞。今宁国虽溃，营将田宗升、杨国正皆宗元乡人，若给以糗粮，可使为我固守。”知府从其言，悉以防务属之。贼至，出击。贼知有备，引去。会苏、常、杭、嘉诸府相继陷，贼复扰湖。道员萧翰庆阵亡，宗元收其溃卒，入城饷之。明日出战，大捷，贼败走。有以蜚语上闻者，解任听勘，事得白。

会伪忠王李秀成陷金华、处、严诸府，浙抚王有龄因檄宗元署绍兴府。时浦江、义乌、东阳皆不守，绍兴戒严。既受篆，议调外江炮船入内港，勿为贼有；议设水栅，以断贼道；请徵团防勇丁入城：均为在籍团练大臣王履谦所阻。九月，宗元令营将何炳谦率水师出击，战殁，败卒归伍。富绅张存浩等挟捐输之嫌，诬其通贼，殴伤宗元，履谦置不问。贼果由浦江入诸暨，夺外江炮船，渡临浦，陷萧山，以扑绍兴。履谦率姚勇走上虞，有开门迎贼者，城遂陷。宗元朝服坐公堂，骂贼不屈，死之。诏以：“宗元力筹防守，严催富户捐输，致被富绅张存浩等诬殴，旋复御贼捐躯，城亡与亡。实属大节凛然，深堪嘉悯。照知府例优议给恤，并於死所祠祀，以彰忠荩。”给世职。