异叶木科的学名Anisophylleaceae由模式属异叶木属学名Anisophyllea的复合形式Anisophylle-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“异叶木属”中的专名“异叶木”加上“科”字构成。除归并入本科的角翅果科之外，其他单纯的中文别名有四柱木科、异形叶科、异叶红树科等，详见异叶木属条目的“词源”一节。