因其神学观点与占统治地位的正统观点不同而被视为“异端”，备受排斥甚至迫害。在古代有伊便尼派、诺斯替派、马西昂派、孟他努派、阿里乌派、聂斯脱利派等;在中世纪东正教中有保罗派、鲍格米勒派，天主教中有阿尔比派、罗拉德派、塔波尔派、再洗礼派等。宗教改革后，出现各种独立的宗派，所谓“异端教派”的观念已随之消失。