弗朗切斯科·德斯特于1698年7月2日出生在摩德纳，他是摩德纳公爵里纳尔多·德斯特与不伦瑞克-吕讷堡的夏洛特·费利齐塔斯的儿子。1720年2月12日，弗朗切斯科与夏洛特·阿格莱·德·奥尔良在巴黎举行代理婚礼，夏洛特是奥尔良公爵菲利普二世与堂妹弗朗索瓦丝·玛丽·德·波旁的女儿。1720年7月21日，两人在摩德纳举行婚礼，婚后生育了十名子女，其中包括庞蒂耶夫公爵夫人玛丽亚·特蕾莎·德斯特、摩德纳公爵埃尔科莱三世·德斯特、孔蒂亲王妃玛丽亚·福尔图娜塔·德斯特。1737年，他成为摩德纳和雷吉奥公爵弗朗切斯科三世·德斯特。1780年2月22日，弗朗切斯科三世·德斯特在瓦雷泽去世，享年81岁。