1607年（万历三十五年）朱由崧生于福王京邸，1620年（万历四十八年）受封为福王世子，1643年（崇祯十六年）五月，福王朱常洵被杀两年后，崇祯帝下诏令朱由崧袭封福王爵位。

1644年（崇祯十七年，顺治元年）明思宗殉国后，同年五月朱由崧被四镇拥立于南京，改元“弘光”，建立弘光政权，在位仅1年。史称“南明。1645年（弘光元年，顺治二年），宁南侯左良玉称奉太子密诏，入诛奸臣马士英以清君侧，起于武昌，进逼南京。时清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城，四月，清军兵临江南，南京城门大开，弘光帝方寸大乱，顾不上通知其他人，就与马士英和少数宦官仓皇出逃，一路辗转来到芜湖。芜湖守将正是拥立有功的江北四镇之一——黄得功，他尚对京城变故一无所知。当知道天子是张惶失措，弃都而来时。内心不胜感慨，但仍然决定以死报国，对这位朱由崧效忠到底。

五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降清军后，多铎命降将刘良佐带清兵追击弘光帝。五月二十八日，在尾随而来的清兵重兵压迫下，黄得功部将田雄，马得功策谋降清。在猝不及防的情况下黄得功被暗箭射中，随即自刎而死。弘光帝则被田雄活捉，献给清军邀功，解至北京，弘光政权覆灭。

据郑达《野史无文》记载：当时田雄背着朱由崧，马得功在后面紧紧抱着朱由崧的双脚，生怕这个活宝贝飞掉，朱由崧痛哭流涕的哀求两人，却毫无效果，于是恨得咬住田雄的脖子，血流满衣。当时朱由崧的痛悔愤恨之情，可见一斑。但亡国之君，总是难逃一死。次年五月，这位南明天子，就在北京被加以谋为不轨的罪名凌迟处死，年仅四十岁。

后永历帝为其上庙号明安宗