1944年10月，张仲鲁第三次担任国立河南大学校长。1945年7月至1947年底，应翁文灏邀请，张仲鲁担任经济部参事。1948年初，应王云五邀请，他一度担任善后事业委员会参事，旋任中国农业机械公司顾问。1948年春，张仲鲁在南京与中国共产党中原局城工组方敬之商议后，转赴武汉成立工作站。1948年秋，中国农业机械公司派张仲鲁赴武汉、长沙两地成立公司，他欣然接受。即至汉口，与中国共产党中原局联系，团结工程技术人员，保护厂矿，策动国民党河南省政府主席、国民党军十九兵团司令张轸起义。

1949年5月，武汉解放。6月，张仲鲁被推参加各界人士上海访问团。194948年9月，赴北平参加中国人民政治协商会议，10月1日，参加了开国大典。

中华人民共和国成立后，张仲鲁在北京参加了华北煤炭工作会议，旋又筹备第一次全国煤炭会议。11月，正式参加燃料工业部工作，任计划司副司长。1950年初，调任全国煤矿管理总局副局长。1953年4月，张仲鲁经汪世铭、杨青海介绍参加了中国民主同盟。同年，调任河南省交通厅厅长、河南省科学普及协会副主席。后又任第二届全国政协委员，政协河南省第一届委员会副主席，政协河南省第二届、第三届委员会委员，中国民主同盟河南省委员会常务委员，河南省各界人民代表大会代表、河南省人民政府委员等。

“文化大革命”中，张仲鲁遭到不公正对待。1968年10月13日，张仲鲁去世，终年73岁。文革结束后，中共河南省委根据党的十一届三中全会精神，河南省领导机关于1979年7月5日为张仲鲁召开了平反昭雪追悼会，为其恢复了名誉。

张仲鲁任福中矿务大学校长期间，1925年全国爆发了轰轰烈烈的“五卅”反帝爱国运动。他在积极支持师生参加“五卅”反帝爱国运动的同时，还配合闻名中外英国福公司焦作煤矿大罢工，亲身投入反对英帝国主义斗争的洪流中去，受到了锻炼。

“五卅”运动掀起后，在焦作，首先响应的是福中矿务大学的学生。1925年6月4日，福中矿务大学学生从报纸上看到上海发生“五卅”惨案的消息，怒不可遏，激起了强烈的民族义愤，当晚即召开全体学生大会，选举成立了“组织委员会”，决定6月5日罢课，声援上海人民的反帝斗争，表示“非沪案办有头绪，不得离校”，得到了张仲鲁校长的支持。

1926年初，正当焦作煤矿工人和英国福公司进入罢工谈判的关键时刻，张仲鲁以福中矿务大学校长的身份，上书河南省长公署，控告英国福公司攫夺矿权、欺骗人民、破坏合同等六大罪状，要求增拨办学经费，并全文登在开封的《新中州报》上。当时，住在北京的英国福公司总经理堪锐克看到报纸后，恼羞成怒，立即把《新中州报》登出来的呈文译成英文，专程从北京乘车到焦作，向张仲鲁大发雷霆，兴师问罪，堪锐克怒气冲冲地质问张仲鲁说：你这个校长是我们拿工资雇用的，你怎么能控告我们，反对我们？而且焦作矿权是我们以合同取得的，又怎么能算欺骗的攫夺呢？张仲鲁理直气壮地回答说：如果说我是你们雇用的，不能反对你们，那么我还有国民一分子的立场，站在这个立场，对于你们破坏合同，欺骗人民的罪行，我还是可以反对的。而且按照1914年议结的四十三条合同在英文文本上矿务学校是Mining College，意即大学级的矿务学校。试问你们福公司每年拿五千两银子就能在你们英国办一所矿务学院吗？恐怕连一所小学也办不了。这不是欺骗是什么？他的这一段话只驳得堪锐克面红耳赤，哑口无语。在焦作煤矿工人及社会各界群众的支持下，经过八个月的斗争，于1926年3月2日英国福公司被迫与煤矿工人代表签订了《-九二六年工人罢工条款合同》，取得了完全胜利。福中矿务大学师生在张仲鲁的领导和支持下，对焦作煤矿罢工的胜利起到了一定的积极作用。

在焦作煤矿罢工胜利后，修武、沁阳两县各界人士代表向英国福公司提出了《沁修地方条件》，其中第五条即系指责英国福公司没有履行1914年议结合同中关于担负福中矿务大学经费，要求“嗣后经费应由该公司（即英国福公司）独自担任”。而英国福公司对增加办学经费迟迟不予答复，又没有得到中原煤矿公司的有力支持，张仲鲁于1926年5月中旬愤然辞职，从武陟黄河岸雇船溯流而上，携眷离校返乡。

1930年6月，在张嘉谋、冯友兰、李子和等河南名流学者的竭力推荐下，他第一次担任河南中山大学校长。上任后他积极筹措经费增添设备，制定规划，力图发展。同年8月，经当时国家教育部备案批复，他亲自主持校务会议，宣布将河南中山大学改称河南大学，并改文、理、法、农、医五科为五大学院，自此河南大学正式命名。

1933年8月，张仲鲁第二次担任河南大学校长，他向全校公布《河南大学组织规程》，精简行政机构，紧缩行政开支，不惜重金聘请许逢熙、傅铜、郭绍虞、饶孟侃、高亨、刘节、涂治、李先闻、嵇文甫、姜亮夫、蒙文通、杨鸿烈、李俊甫、闻惕、张静吾等著名专家学者到河大任教，立下雄心壮志要切实完成他1930年制定的河大发展计划。但却意外地遭到国民党军统分子的抵制和反对，他苦撑一年即被迫辞职。

1944年10月，张仲鲁第三次担任国立河南大学校长。这时，河大处于极其困难的流亡时期。1944年5月，河大所在地嵩县、潭头相继沦陷，河大师生十几人死难，40多人受伤，图书仪器毁之一炬，遭受建校以来的最惨重损失。师生再次流亡，攀援于崇山峻岭之中，穿行于密林草丛之间，饥寒交迫，倍尝艰辛。张仲鲁主校后随即亲自到重庆各处募款400万元及大批医药用品解决教职工的燃眉之急，使学校教学、科研在短期内恢复到比较正常的状况。特别可贵的是：他对校内中共地下党的进步活动尽量给予掩护，对蒋介石的反共卖国行径强烈不满。后来，张仲鲁毅然投奔中原解放区参加革命，受中共中央中原局委派赴武汉城市工作站，促成国民党河南省政府主席张轸将军率部起义。

妻子张瑞笋，两人1917年结婚。1926年冬，张瑞笋逝世。

他的六个子女中，有四个毕业于清华大学。长子张昕若，曾任全国人大常委会法制工作委员会副秘书长等职务；次子张昭若，曾任天津市副市长等职务；三子张皓若，曾任国家经贸部副部长、四川省省长等职务。

张仲鲁铜像和纪念碑

1998年11月，在张仲鲁逝世30周年的时候，他的家乡人民在巩义市第三高级中学和干沟村小学为他塑立了铜像和纪念碑，表示对他的永远怀念。

“张仲鲁奖学金”

2002年8月，“张仲鲁奖学金”在巩义三中设立，每年对巩义三中品学兼优的学生进行奖励。2012年，该奖学金扩展为对巩义市高考优秀学生进行奖励；2014年再次新增了对巩义优秀教师的奖励。