1986年—1989年，任哈佛大学东亚评议会主任。

1993年，与中国社会科学院考古研究所合作，展开河南省商丘市的考古工作，试图在商丘市寻找先商文化。

1994年—1996年，任中国台湾“中央研究院”副院长。

1997年，最后一次到河南省商丘市视察田野工作。

1998年，回到美国马萨诸塞州剑桥。

2001年1月3日，在美国波士顿病逝，享年70岁。

张光直不仅在中华文明起源上大有建树，而且对台湾史前史也进行了一系列研究。他结合其“相互作用圈”模型，分析新石器时代中国东南沿海的史前文化，并且阐述了台湾史前史和大陆东南沿海的联系，提出“大坌坑文化代表台湾南岛语族文化祖型，而南岛语族的老家是在大陆东南沿海”这一假说。他提出了一系列关于文明起源的理论，如“相互作用圈”“连续-断裂文明起源二元说”等。

张光直对台湾史前史的考古学观察不仅包括文化的互动和交流，还从人类学视角关注族群地起源、迁移。张光直在台湾史前遗址发掘工作结束后，除了思考大坌坑文化范围外，还思考南岛语族在大陆下落的问题。他推测南岛语族源地应该分布在闽粤一带，并在《中国东南海岸考古与南岛语族起源问题》中初步阐释了这个观点。在文章中，张光直指出“东南海岸的考古工作牵涉到东南亚与大洋洲一亿五千万说南岛语系语言的人的祖先的来源问题。在这个问题的研究上，我们不但要打破省份的界限，而且更要打破国家的界限，与东南亚和太平洋区域的考古工作者携手合作。很清楚的，如果不把眼界放广，我们手中宝贵的资料的意义便不能充分地发挥”。在南岛语族地起源和迁移问题上，张光直不仅关注台湾，而且还放眼大陆和东南亚。

张光直对台湾史前史的研究，主要贡献在于：一是通过田野调查，获取了一批台湾新石器时代实物遗存。这些遗存为研究台湾史前文化序列提供了丰富的材料。二是将台湾和大陆紧密联系，从文化圈和区域考古的角度审视台湾史前史。张光直不仅着眼于台湾史前文化，还将台湾史前史放置在中国东南沿海进行研究，密切了台湾和大陆的文化联系。三是透物见人。张光直通过台湾史前文化遗存，思考台湾南岛语族的起源和扩散问题，将台湾史前史的研究从器物、文化上升到人的层面。

截至2001年1月，张光直发表了350多篇出版物，其中包括约20本书和专著。

在20世纪80年代，张光直组织过两个国际学术会议：1982年在夏威夷檀香山举办的“国际商文明学术会议”和1986年在弗吉尼亚举办的“古代中国和社会科学理论研讨会”。

张光直作为老师，培养了三代学生。这些学生分布在东亚、东南亚、欧洲、北美洲和大洋洲的众多国家，成为各自研究领域的专家，如美国艺术与科学院院士巫鸿、中国青铜时代考古研究专家罗泰、斯坦福大学教授刘莉等。

张光直在哈佛大学创立了中国考古专业，使哈佛大学成为西方学习中国考古学的中心。

张光直对研究生要求十分严格，但对大一新生们却过于宽容，为了鼓励学生选修，他不惜给较高的分数。

张光直的父亲张我军是中国台湾省人，母亲罗心乡是湖北省黄陂区人。其父因到北京上大学而与其母相遇相恋。

1957年，张光直与李卉女士结为连理。二人育有一子一女，儿子叫张伯赓，女儿叫张仲琪。

张光直常年饱受帕金森症的煎熬，1997年虽做了脑部胚胎移植疗法，健康却无起色。

张光直是一位狂热的体育爱好者，对波士顿凯尔特人队的阵容了如指掌。除了体育之外，他还对侦探故事、流行文化以及美食充满热情。

中国考古学的成就为世界学术界所接受和认可，张光直起了不可替代的作用，中国考古学界永远纪念张光直为中国考古学所做出的贡献。（时任中国考古学会会长徐平芳先生评）

他（张光直）是一座没有爆发的火山，但是他的光和热已永远留在人间。（余英时先生评）

张光直在国际考古学界享有崇高地位。（北京师范大学附属中学评）

在过去的四十年中，张光直教授为中国和东南亚考古的进步和发展鞠躬尽瘁、不遗余力。他的卓越的领导才能和杰出贡献，无人能望其项背。（1996年亚洲研究学会授予张光直亚洲研究杰出贡献奖授奖辞）

张光直的逝世标志着一个时代的结束，今天（截至2006年10月）在世的人，无人能匹敌他的广阔视野，无人能以类似的权威在更广泛背景下阐释中国考古的复杂性。作为一位学者，作为一个人，他带来的启迪是永恒的。（哈佛大学教授William Fash、加利福尼亚大学洛杉矶分校教授罗泰、美国考古学家C.C. Lamberg-Karlovsky等人评）

张光直先生的研究，让中国考古学开始在美国学术界占据一席之地。他推动了西方对中国先秦到上古时期的研究，进而促进了西方汉学或中国学的发展。（时任中国社会科学院考古研究所所长陈星灿评）

张光直对人类学和考古学的理论发展做出了具有深远影响的贡献。（《北京青年报》评）