2012年05月09日凌晨三时在武汉中南医院去世。

张在元，故乡是湖北省公安县长江边的一个小村庄。

1966年于公安一中初中毕业后回乡务农。1967年开始参加国防三线建设任建筑设计描图员。“文化大革命”十年绘制毛泽东主席大型油画肖像260余幅。

1982年开始参加国际建筑设计竞赛连续获17次奖项。

1984年开始主持筹备武汉大学城市规划专业。

1988年赴东京大学留学师从国际著名建筑师槙文彦教授。

1995年获东京大学工学博士学位（主攻现代建筑与城市设计）。

1996年被GA（全球建筑）杂志评选为40位中青年前卫建筑师并出席设计作品展，同年被聘为UIA国际建协亚洲研究机构（AOF）高级研究员。

1997年任香港大学研究员。

1997-1998年赴美国作高科技区规划设计博士后课题研究。

1999年应广州市政府邀请主持“生物岛”总体概念性规划设计。著作《天地之间——中国建筑与城市形象》由英国牛津大学出版社于2000年出版。

2001年为“喜玛拉雅空间设计”（中国、美国、西班牙建筑师合作）总建筑师。2002年为中国一级注册建筑师，先后主持上海国际医学园区、广州天河软件园区、北京国际电子总部基地、贵阳药谷、杭州生物研发基地、北京大学深圳/广州/北京生物研发基地、武汉常福汽车世界等项目规划设计。2005年被聘为武汉大学城市设计学院教授、博士生导师、院长。

代表性著作 ： 《空间元》《城市设计在中国》《红环0.18》《中国建筑评析与展望》等

代表性论文：香港城市形象演变过程——中环论点

张在元教授是东京大学工学博士，有国际影响力的建筑大师，先后应邀在哈佛大学、斯坦福大学、普林斯顿大学等国际著名学府访问讲学。 1998年主持创立了武大建筑系，现为中国一级注册建筑师，中国建筑科学研究院、深圳市政府等多家单位和机构的设计规划顾问。自1982年以来，获17项国际建筑设计竞赛奖，其名已被相继载入剑桥大学《世界名人录》、《世界著名学者名录》。

曾任武汉大学城市设计学院院长。在武汉大学城市设计学院, 2006年 张在元院长组织 策划“中国轮廓”大型科学考察活动。由13支移动纵队和5个定点纵队共110名队员组成（3支纵队有澳大利亚悉尼大学建筑学院学生合作参与）。主要考察中国领土范围国界线内侧的城市、集镇、村落、建筑和要塞。2006年“中国轮廓”社会实践小分队获“湖北省大学生暑期社会实践优秀团队”、被中央五部委联合授予2006年度大中专学生暑期社会实践优秀团队称号。2006年“十一”黄金周期间，中央电视台根据大学生们自己拍摄的影像资料制作了七集电视专题片，在一套、七套、十套滚动播出，在全国引起强烈反响。

大旗网上一个题为《武汉大学对待功勋教授果真寡情薄义》的帖子称，武汉大学的著名教授、设计学院院长张在元博士两年前患上罕见的神经元传导障碍，已经病危，然而武汉大学竟派员到他病床前，当着不能言语、靠呼吸机维生的张在元宣布：终止其与武汉大学的聘用合同，停止提供医疗费和住房。

网帖在网上引起很大争论，有网友认为武汉大学此举是狡兔死，走狗烹。

武汉大学宣传部向本报发来情况说明，称按照聘用合同约定，张在元的医疗费用应由个人支付，但学校除补贴16.5万元，已垫付医疗费用68.6余万元。学校表示对张教授的病情深表同情，但建议张教授及其近亲属通过法律途径解决有关劳动争议问题，出于人道主义，武汉大学仍会尽可能协助张教授渡过难关。