2006年，当选为中国社会科学院学部委员。

张晓山主要研究领域为农村发展，农村组织与制度，合作经济理论与实践，农业经济、乡镇企业、农业剩余劳动力转移、农业产业化、农民收入与消费、农村社会保障等方面。

张晓山对农村合作组织进行了研究，通过采取解剖麻雀的调查方法，在案例调查的基础上，对中国农村改革以来新出现的社区合作组织，合作基金会，股份合作制企业，专业协会等四种合作性质的组织的经济行为进行了综合的系统的比较研究；以理论与实际结合的研究为依据，提出合作立法与规范政府行为等政策建议。在转型时期中国农村的制度变迁与组织创新方面，他指出：要想发展社会主义市场经济，必须建设市场，要求有非市场性制度的最低限度的框架。农村制度变迁和组织创新的过程即是农民走向市场的过程。

张晓山注重对农村改革的重大理论和政策问题进行跟踪调研，开展具有宏观性、战略性和前瞻性问题的研究；注重社会、政治及文化层面的跨学科研究。他认为，当中国从计划经济向社会主义市场经济体制转化，中国的农业从自给、半自给的小农经济向商品化、市场化农业转化之时，解决农业和农村总的症结已不在农业和农村本身，而必须将农业和农村问题放在整个宏观经济体制和国民经济分配格局的框架之中来考虑并加以解决。同时，在社会的激烈变革时期，农业和农村的经济问题也必然与农村社会其他方面的问题密切相关，解决农村的经济问题也必须从中国农村综合发展的角度来考虑。张晓山关注对社会弱势群众体的保护问题。他在理论分析和实证研究的基础上提出，让农民更多地分享经济发展的成果。

截至2012年11月，张晓山已独著或合著多部专著，在各类学术刊物上发表数十篇学术论文或研究报告，其主要著作有《中国农村改革二十年》《中国农村新型合作组织探析》《走向市场：农村的制度变迁和组织创新》《联结农户与市场——中国农民中介组织探究》《中国乡镇企业产权改革备忘录》《农村金融转型与创新》《九十年代产权制度的对策研究——中国农村股份合作经济专辑》《合作经济理论与实践——中外比较研究》等。

截至2012年11月，张晓山已主持并完成了国家社科基金、自然科学基金、中国社会科学院重点课题等多项科研任务。

截至2012年11月，张晓山已获得孙冶方经济科学奖、中国社会科学院优秀科研成果奖等多项奖励。

张晓山在培养学生的过程中，对待学生一向和蔼可亲，备加关怀，但在学生的学业上则坚持“高标准，严要求”，一丝不苟，诲人不倦。在要求学生加强基础知识和基本技能学习、打好基本功的同时，鼓励学生深入实际，努力培养实际问题的分析能力，使理论与实际紧密结合。他指导学生直接参与一些重大课题的研究，通过实际研究工作使学生的科研能力得到提高。他要求学生树立诚实严谨的学风和一丝不苟的治学态度，并以身作则，给学生树立了榜样。同时他不仅给予学生知识更教育学生如何做人，在生活作风、思想品德、为人处世等方面耐心教导。他不仅操心学生的学习、科研，也十分关心学生的生活尽力为学生排忧解难。

张晓山在中国社会科学院大学国际教育学院援外培训项目讲授“中国农业农村发展经验与挑战“课程。

从1996年到2004 年，张晓山共指导培养博士研究生15名，其中在校6人，已经毕业9人。那些已毕业学生中的多数都是所在单位的骨干，图中国社会科学院大学应用经济学院农业经济管理系博士赵安等都是他的学生。

张晓山的父亲是现代文艺理论家、诗人、文学翻译家胡风。

“张晓山是中国研究‘三农’问题的领军人物。”（南开大学评）

“张晓山是中国知名的农经专家和公认的学科带头人，他学养深厚，治学严谨、朴实，勤奋，他从不无的放矢或轻率结论；他生活朴素，吃苦耐劳，甘于贫寂，他胸怀开阔，为人坦荡、厚道，堪称为人师表的楷模。”（中国社会科学院研究生院教务处《名师荟萃》评）