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同治十三年正月二十九日（1874年2月15日）出身于官宦世家，祖父张之杲，著有《初日山房诗集》《泰州保卫记》。父张上禾，曾从蒋春霖受词学。弟张东荪，著名哲学家。
张尔田早年有文名，曾中举人，官刑部主事、知县、候补知府。辛亥革命后闲居。1914年清史馆成立，参与撰写《清史稿》，主撰乐志，前后达七年。1915年曾应沈曾植邀请，参加编修《浙江通志》。1921年后，先后在北京大学、北京师范大学、中国公学、光华大学、燕京大学等校任中国史和文学教授。最后在燕京大学哈佛学社研究部工作，为燕京大学国学总导师。
他著作丰富。1911年出版《史微》，深受国内和日本学者的重视。《清史稿》中，他负责撰写《乐志》《刑法志》《地理志·江苏》《图海》《李之芳列传》《后妃列传》等卷，自认为《后妃列传》是其文才与史识的代表作。1922年开始整理和诠释沈曾植有关研究蒙古史的遗稿，出版了《蒙古源流笺注》《蛮书校补》《元朝秘史注》《遁龛文集》等。
还著有《槐后唱和》《遁庵乐府》《钱大昕学案》《玉溪生年谱会笺》。
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