两年后，归允肃被委任为康熙二十年（1681）辛酉科顺天乡试主考官。自康熙初年以来，状元及第后，就被任命为下一科乡试主考官，几乎已成为定制。所以，归允肃未出任主考前，欲参加顺天乡试者即纷纷拜谒他，投上行卷，希冀归允肃为考官后，能与之通关节，得到关照。但是，清代科场条例细密严厉，主考通关节舞弊，一朝揭露，必遭酷刑杀戮。顺治时期严厉处治的数次科场案，已是前车之鉴。所以考官多有洁身自好者。归允肃接受君命后，纠集众同考官撰文向神立誓：“允肃等素著清贫，谬叨荣遇，期为朝廷遴选真材，不为身家营谋私窟，期诸同事各矢此心，倘或为己营私，徇情欺主，明正国法，幽伏冥诛，甘受妻孥戮辱之惨，必膺子孙灭绝之报。”又言：“毋夺子威，毋诱于利，毋牵前恩，毋邀后报。”对神起誓，意在昭明清白纯正之心。主考期间，归允肃言必信，行必果，未与考生通关节，表现公正无私。但榜发后，落第者误以为中试者与主考有关节，非议鹊噪，欲朝廷兴狱惩治。经当时著名的直巨大司寇魏象枢严查，证明归允肃无贪赃受贿之事。为了平息谣议，享有品学硕望的魏象枢带一仆人，携红褐垫，步行到允肃居宅门外，看见归允肃的大门上对联：“绝夤缘奔竞阶，务专求实学；杜浮言夸张习，要不采虚声。” 魏象枢对归允肃行四拜礼，并颂扬允肃说：“我为国家得人而庆贺！”事后又为此赋诗纪事，遍示朝廷内外，归允肃持正不阿的本色方显扬朝野。故后人评价他“辛酉主顺天乡试，所拔皆真才，一革从前诸弊。”鉴于以前一甲一名充任顺天主考而生出的科场是非，自归允肃后，清代科举考试中基本上废除了新科状元任顺天主考的惯例。