辽沈战役后，中国国民党策动额仁沁道尔吉、胡图凌嘎在张家口成立“蒙边骑兵总队”。胡图凌嘎为西乌珠穆沁旗人，日本统治时期任锡林郭勒盟盟长。胡图凌嘎制造了“阿巴嘎旗沙布日台血案”，杀害了自贝子庙开会后返回的中共察哈尔盟工委代理书记萧诚、盟长苏剑啸等18名领导干部。胡图凌嘎还袭击了农乃庙兵站，杀害了内蒙古骑兵第四师参谋长敖门达赉，围攻喇嘛库伦和盐池的盐务局，抢劫了彦吉嘎庙和王盖庙的贸易公司，并且策划进攻贝子庙。1949年，胡图凌嘎被内蒙古人民解放军生擒，随后被处决，其部队被消灭。

文化大革命爆发后，彦吉嘎庙的喇嘛被批斗了几回，轰回乡下还俗，只留下一个小喇嘛看庙。不久，文化大革命愈演愈烈，造反派们打跑了小喇嘛，捣毁了彦吉嘎庙内供奉的神龛、佛像，随后整座彦吉嘎庙被摧毁。