大军进攻江宁（今江苏南京），彭毓橘与诸将分路攻克丹阳镇、秣陵关诸要隘，平敌营数十，进攻雨花台石城，敌军死守不下。李秀成率众来援，大营被围。彭毓橘染上瘟疫，力战破敌。解围后，彭毓橘与刘连捷援救江北，和水师连续收复江浦、和州、含山、巢县四城，江北大定。削平江宁附近诸敌营，彭毓橘功劳显著。湘军从龙膊子地道攻入江宁，彭毓橘负责监督湘军军冲入城中，手刃后退的人。论功，以布政使记名，予一等轻车都尉世职。