1981年至1982年，从参加高考学生中录取新生，学制三年，毕业生国家统一分配。

1983年至1991年，与徐州师范学院联合办学，开设农学、牧医、生物师资专修科（大专），培养大专生400余名。

1987年，开始从农民技术员中招收二年制推广班。

1989年，增招不分包配的春季中专班。

1991年，被评为“农业部A等三级学校”。

1992年，学校增设新专业，改造传统专业，扩大办学规模。

2000年，成立农艺、园艺、多管和基础等四个学科，副科级建制。

2002年12月，学校更名为“江苏省徐州生物工程学校”。

2003年11月，建立“徐州生物工程高等职业学校”，增挂“江苏联合职业技术学院徐州生物工程分院”校牌。

2006年，徐州市农业机械中专并入；10月，举行建校50周年庆典，提出申办职业技术学院设想，获市委市政府支持。

2008年11月，江苏省委、省政府《关于加快振兴徐州老工业基地的决定》提出在徐组建农业职业技术学院，学校迅速正式启动升格工作。

2009年，原徐州市机械工业学校并入。

2010年1月，获批筹建“徐州生物工程职业技术学院”。

2012年2月，学校获批建立“徐州生物工程职业技术学院”。

截至2022年5月，学校设有11个二级院部，开设专科专业40个。

据2023年4月学校官网显示，学校有附属医院4所。

截至2022年5月，学校有教职工481人，其中专任教师387人，高级职称148人，硕博士204人，“双师型”教师257人，全国农业职教名师6人，省“333高层次人才培养工程”培养对象9人，省高校“青蓝工程”优秀教学团队1个、中青年学术带头人4人、优秀青年骨干教师培养对象18人，省第十四批“六大人才高峰”高层次人才培养对象1人，市“双百工程”优秀专家3人、拔尖人才8人，市职业学校“名师工作室”2个。

注：名单不全

截至2022年5月，学校建有208个实验实训基地，建设中央财政支持专业2个、江苏省重点专业群1个、江苏省高水平骨干专业1个、江苏省高水平专业群1个、牵头服务徐州“六大千亿元产业”重点专业3个、徐州市特需专业建设项目2个。

2020-2021学年，学校学生在国家、省级各项技能竞赛中获奖27项。

截至2022年5月，学校建有2个省级重点实验室和17个市级工程技术研究中心。

2021年，学校教师获批各级科研项目88项，发表学术论著346篇，获得省、市级学术成果奖6项，获得专利131个。

截至2022年5月，学校图书馆馆藏纸质图书40万册。

瞻远行实

勤奋、严谨、务实、创新

敬业爱生、为人师表

勤学苦练、成才报国

 2012年5月，著名书画家喻继高先生题写的校名。

徐锋：党委书记。主持院行政全面工作。负责学校发展、师资队伍建设、财务、审计、国有资产管理等工作。分管人事处、计划财务处、国资处、审计委，联系药品食品学院。

秦越华：党委副书记。负责宣传、思想政治理论建设、作风建设、文明创建、扶贫、社会服务、学校民主管理、校园信息化、图书、妇女、关工委、离退休等工作；协助谢建林同志抓好稳定和统一战线工作。分管宣传部、工会（妇委会、关工委、离退办）、图文信息中心，联系农林工程学院、动物工程学院。

刘希泉：党委委员、副院长。负责校园基本建设、继续教育等工作，协助徐锋同志抓好校园发展规划工作。分管后勤管理处（基建办公室）、继续教育学院（农村人才培训学院）、园林研究所，联系生物装备学院。

赵虎：党委委员、副院长。负责教学、科研、专业建设、教师发展、实验室建设与设备管理、教学质量控制与评估、学籍管理等工作；协助徐锋同志抓好学校发展规划工作。分管教务处（教师发展中心）、科研处（科技成果转化中心）、大学科技园，联系信息管理学院。

王安雷：党委委员、副院长。负责学生管理、安全保卫、共青团、人武、心理健康教育、创新创业教育等工作；协助徐锋同志抓好招生就业工作。分管学生工作处（人武部）、安保处、团委、大学生创新创业学院，联系卫生健康学院、体育部。

谭红玲：党委委员、纪委书记。主持院纪委全面工作。负责党风廉政建设、作风建设的监督工作。分管纪委办公室（监督检查室）、执纪审查室，联系基础部。