2006年至2008年，担任香港中文大学校长助理。

2007年，当选中国工程院院士。

2008年1月至2011年1月，担任香港中文大学协理副校长。

2009年10月至2014年10月，担任中国科学院深圳先进技术研究院副院长。

2011年1月至2013年8月，担任香港中文大学副校长。

2013年8月，担任香港中文大学（深圳）首任校长，任期4年。

2017年7月，获得香港中文大学（深圳）理事会续聘，任期至2021年。

2020年10月13日，中共深圳市委、深圳市人民政府表彰其为“深圳经济特区建立40周年创新创业人物和先进模范人物”。

徐扬生致力于推动中国航天智能控制技术的发展，提出并参与了有关航天智能系统的研制。对服务机器人、动态稳定系统、人类行为学习建模、穿戴式人机界面、智能汽车、无人系统和人工智能等进行了深入研究和系统开发。

根据2019年11月香港中文大学（深圳）网站显示，徐扬生发表了六部专著、300多篇国际学术期刊论文和国际会议论文。

徐扬生提出了“中西合璧，古今通会，文理融合”的培养新时代国际化人才的理念，强调学生的独立思考能力，以及对社会的责任感。

2013年徐扬生出任香港中文大学（深圳）首任校长，他认为：只要称之为大学，就要有自己独特的气质，这种气质能够潜移默化地影响学校的每一个学生，使得每名学生都有浓浓的学校烙印，使得每个出了社会的毕业生同其他人在一起时能够有别于人。这种独特的气质才是大学立校的根本。一所好的大学尤其是研究型大学，对当地经济、社会发展的推动作用巨大。一所优秀的大学应该具备展望全球的视野和很强的社会责任感，专业教育和人格培养并重，在一定意义上讲，人格塑造要比人才的培养更重要。我们缺的其实不是专家，而是真正有社会责任感的知识分子。从港中大（深圳）走出来的学子，不仅要有一手研究科技的好功夫，还要对国家、社会的发展有担当。

2005年2月27日，徐扬生参加国际欧亚科学院中国院士第八次全体会，并做题为《现代机器人实时智能控制技术》的学术报告。

2008年3月17日，徐扬生为西安交通大学的师生作了题为《穿戴式智能系统》的学术报告。

2010年6月25日，徐扬生来到中国科学院光电技术研究所进行学术交流，并作了题为《智能机器人：从空间到千家万户》的学术报告。

2017年12月1日，徐扬生应邀到访重庆市育才中学校，并作了题为《人类从体力劳动到脑力劳动的解放》的讲座。

徐（扬生）教授教研成就卓越，具丰富的教育及行政领导经验，对香港及内地教学体制了如指掌，深具国际视野及崇高办学理念。（香港中文大学校长、中国工程院院士沈祖尧评）

徐扬生教授在智能机器人和智能系统等方面作出了开创性的贡献，并为推动中国教育事业的发展做出了巨大努力。（深圳新闻网评）

徐扬生长期从事机器人与智能控制系统研究，在空间机器人的设计、控制及动力学研究，以及无重力地面试验设施的研制等方面做出了重要贡献。（中国科学院评）

2016年11月14日，国际小行星命名委员会将国际永久编号第59425号小行星1999 GJ5 命名为“徐扬生星”。2017年1月12日上午，“徐扬生星”命名仪式在深圳市市民中心市政府全体会议室举行。

2021年5月22日，在香港中文大学（深圳）2021年本科生毕业典礼上，徐扬生与同学们分享了自己充满不确定性的人生经历。他告诉同学们，人生完全是偶然，是不确定的，也许你可以对短期发生的事情做一些规划，但对整个人生而言，你是无法规划的。人生是一场边走走边逛逛的探索旅程，并强调人生的不确定性，在今天，面对疫情中的世界尤为重要。虽然中国的社会经济，特别是深圳的社会经济已经得到了恢复，但整个世界仍在面临着巨大的挑战，而世界的动荡也自然会影响到中国，中国的社会经济发展也会因此受到影响，所以，要有这个思想准备。

“世界是逃避不了的，我们要有直面人生的勇气，面对这个偶然的、不确定的人生，你首先要记住的是，你要有胆魄、有勇气、要相信自己的智慧和能力，你有了勇气，才能有机会抓住一个有可能对你来说是有非常重要意义的机会，才能有机会去尝试踏出一条属于自己的精彩的路来。”徐扬生表示，中华传统文化中有一条很重要的叫做“大智大勇”，在现代的教育中只强调“大智”，“大勇”是被忽略的，而在今天这种不确定的世界里，“大勇”格外重要。

徐扬生同时强调了直觉的重要性，要同学们相信自己的直觉，他希望大家要做个有思想，能行动的人，尽可能地去参与一些不同的活动，亲身经历一些不一样的事情，去享受人生的不确定性所带给你的意外的风景，同时，这些对人生的感悟又能够帮助自己去更好地面对人生的无常。

徐扬生尤其提醒同学们要坚守内心的良知，走出校门后，必须为自己的言行负责，“你会遇到五花八门的事情，遇到形形色色的人，而你的良知就是你行动的准绳，这条底线未必能为你带来大富大贵，但它将是我作为你的校长永远会为你感到骄傲的理由。”