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徐石麒（1577年—1645年），初名文治，字宝摩，号虞求，浙江嘉兴人。
天启二年（1622年）进士，授工部营缮司主事，管理节慎库。魏忠贤兼领惜薪司，所需悉从库发，徐石麒辄持故事格之。其党噪于庭，不为动。御史黄尊素因反对魏忠贤而下诏狱，徐石麒尽力营救，触怒了魏忠贤。于是，魏忠贤执新城侯王升（明熹宗生母孝和太后的弟弟）之子下狱，指令其诬告徐石麒受贿，捕系其家人，勒完赃而削其职。
崇祯三年（1630年），重新启用为南京礼部祠祭司主事，历南京吏部文选司、考功司郎中。
崇祯八年（1635年），佐尚书郑三俊京察，澄汰至公。历任南京尚宝卿、应天府府丞。
崇祯十一年（1638年）春，入贺。郑三俊时为刑部尚书，议侯恂狱不中，得罪。徐石麒疏救，释之。徐石麒官南京十余年，至是始入为左通政，累迁光禄卿、通政使。
崇祯十三年（1640年），召对，崇祯帝问守边、救荒、安民三事。徐石麒对以“守边在农战互用，救荒在劝民输粟，安民在省官用贤”，颇得崇祯帝称许。
崇祯十五年（1642年），擢刑部右侍郎，审理吏部尚书李日宣等案件。崇祯帝曰：“枚卜大典，日宣称诩徇私。”徐石麒予轻比，贬二秩。先是，会推阁臣，李日宣一再推，因及副都御史房可壮、工部右侍郎宋玫、大理寺卿张三谟，徐石麒与焉。召对便殿，徐石麒独不赴。及是帝怒，戍李日宣及吏科都给事中章正宸、河南道御史张煊，夺房可壮、宋玫、张三谟及谳狱左侍郎惠世扬官。徐石麒代惠世扬掌部事，旋进左侍郎。
当是时，崇祯帝以威刑驭下，法官引律，大抵深文附会，予重比。徐石麒奉命清狱，推明律意，校正今断狱之不合于律者十余章，先以白同官。以次审理十三司囚，多宽减。然廉公，一时大法赫然，无敢幸免者。兵部尚书陈新甲下狱，朝士多营救。徐石麒持之曰：“人臣无境外交。未有身在朝廷，不告君父而专擅便宜者。陈新甲私款辱国，当失陷城寨律，斩。”帝曰：“未中，可覆拟。”乃论陈新甲陷边城四，陷腹城七十二，陷亲藩七，从来未有之奇祸。当临敌缺乏，不依期进兵策应，因而失误军机者斩。奏上，陈新甲弃市，陈新甲党皆大恨。
徐石麒寻擢刑部尚书。中官王裕民坐刘元斌党，刘元斌纵军淫掠，伏诛，王裕民以欺隐不举下狱。崇祯帝欲杀之，初令三法司同鞫，后专付刑部，徐石麒议戍烟瘴。奏成，署院寺名以进。崇祯帝怒其失出，召诘都御史刘宗周，对曰：“此狱非臣谳。”徐曰：“臣虽不与闻，然阅谳同，已曲尽情事。刑官所执者法耳。法如是止，徐石麒非私王裕民也。”崇祯帝曰：“此奴欺罔实甚，卿等焉知？”令徐石麒改谳词，弃之市。无何，刘宗周以救姜埰、熊开元获严谴，佥都御史金光辰救之，夺职。徐石麒再疏留，不纳。姜埰、熊开元既下诏狱，移刑部定罪。徐石麒据原词拟熊开元赎徒，姜埰谪戍，不复鞫讯。崇祯帝责对状，徐石麒援故事对。崇祯帝大怒，除司官三人名，徐石麒落职闲住。
崇祯十七年（1644年），福王朱由崧于南京即位，建元弘光，起用徐石麒为副都御史，后改右都御史，旋升吏部尚书。奏陈省庶官、慎破格、行久任、重名器、严起废、明保举、交堂廉七事。时方考选，与都御史刘宗周矢公甄别，以年例出御史黄耳鼎、给事中陆朗于外。陆朗行贿宦官入得留用，徐石麒发其罪。陆朗发怒，诋毁徐石麒，徐石麒称疾乞休。黄耳鼎亦两疏劾石麒，并言其枉杀陈新甲。徐石麒疏辩，求去益力。马士英拟严旨，福王不许，命驰驿归。
徐石麒刚方清介，扼于权奸，悒悒不得志。马士英挟定策功，将图封，徐石麒议格之。中官田成辈纳贿请嘱，徐石麒悉拒不应。由是中外皆怨，构之去。去后以登极恩，加太子太保。
弘光元年（1645年），弘光政权灭亡。徐石麒时居郡城外，城将破，徐石麒曰：“吾大臣也，城亡与亡！”复入居城中，以闰月二十六日朝服自缢死，年六十有八。
隆武帝时，赠少傅、文渊阁大学士，谥“忠襄”。鲁王监国时，赠太师。
徐石麒学贯经史，尤熟悉朝章国故，见闻博洽。其政见皆可施行，惜不得用。又工诗词， 有《可经堂集》12卷，其诗不作规抚蹈袭之语，能自抒性灵，写得清新开爽。代表作有五古《憩古墓作》、《临镜》、七律《古寒行在句曲道上》等。
长子：徐尔榖，字似之，国子生。隆武帝授中书舍人，鲁王授职方主事兼御史。父殉国后，尔榖坚持抗清，永历元年（1647）与陈子龙等筹划松江起义，事败被捕。清督洪承畴劝降，被严拒，英勇就义于南京。妻孙氏得悉，即投水死。妻兄孙钜，字若弘，与尔榖同时遇害，其全家也被清兵所杀。著有《画水草堂诗稿》
次子：徐柱臣，字贞侯，诸生。父殉国后，连遭水火狱讼，屡濒于死。后读书佛寺15年，潜心研究经史。柱臣子徐功燮，字元赞，拒绝仕清，诗文清苍拔俗。