1939至1942年7月调往西康军委会西昌行辕任上校组长，兼军统西昌站站长。

1942年9月任国家总动员令成都经济检查大队队长，兼任财政部四川缉私处副处长，军统川康区副区长。

1945年6月任国民党军统局第三处少将副处长

1946年5月任国民党第一战区长官部调查室少将主任兼军统北方区区长。1946年7月任国民党西南军政长官公署第二处少将处长兼保密局西南特区区长。8月李公朴、闻一多2教授为争取民主，被国民党特务暗杀，成都各界人士召开追悼大会，徐从重庆赶往成都，与警察局合谋破坏大会召开，指使暴徒辱骂、打伤民盟领袖张澜先生。

1947年2月，国共和谈破裂，重庆行辕部署军警特务武装遣返中共代表团工作。徐担任行动的副总指挥，查封德兴里《新华日报》编辑部和纯阳洞资料室，搜去大批革命书籍和报馆业务资料；用武力将吴玉章、张友渔等100余人强行遣送延安。5月渝发生学潮。徐接南京政府大逮捕、大整肃指示，及时召集中统军统、稽查处、宪兵、三青团等会商，提出审查500余人的名单，逮捕300余人，其中有10多人被杀害。

1948年3月，徐主持破坏中共重庆市委机关报《挺进报》和市委组织，逮捕市委许建业（杨青）、市委书记刘国定（刘仲逸）、学委冉益智等30余人。刘国定、冉益智等叛变，出卖川东、川西、川北的中共地下组织，徐又在万县，广安、遂宁、蓥山、开县、岳池、雅安、成都等地破坏了川东地委、川北地委、川西工委，逮捕江竹筠、李大镛、韩子重等30余人。公开枪杀许建业、李大镛，使中共四川地下组织遭到严重破坏。秋，徐得悉中共领导的合川、武胜、岳池等地将举行武装暴动，即派副处长杨元森配合内二警总队长彭斌前往镇压，武装起义失败后逮捕领导干部和农民400人，并将主要干部及共产党员徐也连、楼阅强、张八妹等30余人押至重庆杀害。

1949年1月国共和谈期间，李宗仁电令杨元森释放杨虎城。徐远举电示毛人凤，并令将杨转送贵州。8月底，毛人凤到重庆召集徐远举、周养浩等密谋杀害杨虎城将军。9月6日晚在中美合作所松林坡将杨虎城将军等6人杀害。3月毛人凤在重庆主持西南、西北工作会议徐提议在川、滇、黔建立游击武装，布置潜伏力量，亲拟工作纲要，并在四川、西康、云南、贵州等地布置潜伏组20多个，委派组长、专员、县长等。7月，民革在四川的王白宇、黎又霖、周均时等4人，准备在川东收集旧部举行起义，徐将起义计划报告张群，后逮捕10人左右，有4人被枪杀，徐奉毛人凤令整理“积案”，9月初蒋介石到重庆后电告卢汉抵渝，强令其接受整肃，并派徐为驻滇代表，主持实施。徐当即率特务到昆明，计划捕杨杰，将杨的副官及云南民革负责人陈复光等逮捕，继而逮捕3000人左右，并查封正义等进步报刊及广播电台10余处，又逮捕民革负责人张天放、参议员马伯安等400余人，阴谋借卢汉之手公开枪毙一半，后因卢汉一再拖而不批，这些人才免遭于难。10月，将川东地委负责人重庆《挺进报》编辑陈然、江竹筠、成善谋等重要干部42人杀害。

同年11月27日溃逃前夕，徐命令将囚禁于渣滓洞、新世界、白公馆监狱的共产党员、民主爱国人士楼阅强、张八妹、王自兴、李宗煌、周从化、黎又霖等167人用绳索勒死，因遭到反抗，便用机枪扫射屠杀，并焚尸灭迹，制造了骇人听闻的“11．27”大惨案。同月徐与毛人凤、廖宗泽等组成破厂办事处，经共同策划，密谋布置，于11月29日下令炸毁了重庆9个兵工厂、2个发电厂、1个钢铁厂、1个军械库、1个广播电台，波及民房无数，死伤群众数百人，损失重大。

12月初，徐远举企图从昆明乘机逃台，到昆明后于9日被昆明公安厅逮捕。

1956年集训于中央公安部，后关押于北京秦城监狱。在监狱学习改造期间，徐担心自己罪大恶极会被杀掉，但在中国共产党和人民政府改造战犯政策的感召下，能认罪伏罪。其间徐远举身患肺结核，政府不惜重金，派专人去香港、澳门等地购买美、英等国生产的链霉素为其治病。

1973年1月21日晚上同组战犯开会检查缝衣质量，认为徐生产的衣服质量不好，要其重做。徐听后很生气引起血压升高，22日凌晨2时左右开始头痛，3点20分经监狱医生检查，已面色苍白，满身出汗，早5时半送往北京复兴医院抢救。经名医会诊后，诊断为“脑血管意外”收院治疗，下午3时做“腰穿”试验，确诊为脑出血。经抢救无效，于23日零点20分死于北京复兴医院。