1969年9月，下放到江西永修县卫生部“五七”干校。

1970年12月，从干校调回中国医学科学院药物研究所。

1980年3月，任中国医学科学院药物研究所助理研究员、栽培室副主任。

1982年2月，晋升为中国医学科学院药物研究所副研究员。

1983年8月，任中国医学科学院药用植物资源研究所党委委员、科研支部书记、药用真菌研究室主任。

1985年6月，随中国科学考察团赴日本访问，12月晋升为中国医学科学院药用植物资源研究所研究员。

1998年，正式办理退休。

2019年，当选为中国医学科学院学部委员。

2021年5月23日，在北京逝世，享年92岁。

徐锦堂试验成功“栽培黄连的玉米和造林遮荫技术”，推广生态栽连技术，提高森林覆盖率和药用植物产量。

1965年，徐锦堂在中国国内外天麻野生变家栽栽培成功，提高了产量，满足了全中国医疗用药的供给；发明了天麻有性繁殖树叶菌床法，解决了天麻多代无性繁殖后种麻严重退化问题；揭示了天麻先后与紫萁小菇萌发菌和化蜜环菌双菌共生的全部秘密。在理论上阐明了紫萁小菇侵入种子，蜜环菌侵入种麻的路线、被消化的过程。

据2023年2月何梁何利基金网站显示， 徐锦堂共发表论文和研究技术报告190余篇，主编和合编著作20余部。

1952年起，徐锦堂任教于太原农业技术学校，并讲授《作物栽培学》《达尔文主义》等课程。

1975年，徐锦堂先后在陕西汉中、商洛、安康等地区近30个县及甘肃两当、徽县举办天麻培训班和现场会200多期，有两万余人（次）参加了学习，并与陕西汉中地区药材公司编印了《怎样栽天麻》的小册子，发放全中国，天麻栽培技术在陕西省及中国一些地区推广。

徐锦堂出生于山西省太原市三桥街，他的父亲徐步青早期以锔碗钉秤手艺谋生。民国初年，适逢山西省度量衡改制，赚了一笔钱，在太原与人合伙经营木器商行，后组建“西北民生工厂”，任掌柜（经理），主业织布、弹棉花、织粗毛毯；徐锦堂的母亲康还锁三岁丧母，15岁时与大她七岁的徐步青结婚，平时在家操持家务；徐锦堂姐弟共三人，他最小，大姐的名字是徐春梅，二姐的名字是徐春莲。

1954年，徐锦堂与武兰英结婚。

“徐锦堂是我校的杰出校友、全体师生的前辈学长、广大校友的优秀楷模，他是‘天麻之父’和‘黄连之圣’。”（山西农业大学评）

“作为一个学者，徐锦堂是中国天麻研究各个重要历史阶段的开拓者，‘天麻之圣’当之无愧；作为一名共产党员，他是实践‘代表最广大人民群众的根本利益’的身体力行者，不愧为党员专家的典范。”（《光明日报》评）

“徐锦堂将自己一生所学毫无保留地献给了汉中这块土地，他为汉中天麻事业发展所作出的突出贡献、他为国为民的伟大情怀，永远铭刻在天汉儿女心间。”（汉中新闻网评）

“徐锦堂有着踏实钻研、朴实无华的工作作风和始终如一的国家情怀，为略阳天麻产业发展作出了巨大贡献，在中国传统名贵中草药黄连、天麻和猪苓的理论研究和栽培技术上作出了突出贡献，为中医药事业的发展、贫困地区农民群众的脱贫致富作出了重大贡献。”（陕西网评）

2001年9月，徐锦堂塑像落成揭幕仪式在陕西勉县张家河举行；2003年9月，徐锦堂雕像在利川县东城杨柳寺308国道旁竖立起来。