嘉靖六年（1527年），徐阶服阕，返回翰林院编修任上。后参与修订《大明会典》《祀仪成典》等书。

嘉靖九年（1530年），在讨论文庙祀典时，内阁首辅张璁主张文庙中将孔子像改为木制神主、将“大成至圣文宣王”封号改为先贤先儒等。明世宗将其疏下发群臣讨论，徐阶读后颇为不满，于十月二十九日上疏力陈孔子之号不必去者三，不可去者五，反对张璁之说，主张沿用旧制。十一月一日上朝，张璁召徐阶于朝房斥责，徐阶乃正色力辩。张璁因大礼议中的胜利而颇受世宗器重，因此世宗偏袒张璁，贬徐阶为福建延平府推官。据说世宗还在南京国子监的柱子上写下“徐阶小人，永不叙用”八字。此后徐阶每忆及此事，则引以为戒除狂躁轻率、培养稳健政风之教训。

嘉靖十年（1531年）四月，徐阶抵达延平。七月，代理知府事务。任上，他不仅认真审理民间诉讼，更以礼义教化百姓，毁淫祠，创社学，亲写宋儒箴铭作为里塾蒙训。又改革输银法，减少胥吏从中舞弊的机会。十二月，他亲率乡兵，平定为害一方的尤溪盗贼。

嘉靖十三年（1534年）三月，徐阶调任湖广黄州府同知。延平父老勒石称颂其功，诸生送至建宁。抵达严陵时，又改任浙江按察司佥事，提督学政。

嘉靖十五年（1536年）十月，徐阶改按江西按察司副使，仍提督学政。期间，阁臣夏言的家族子弟有希望通过徐阶来得到提拔，徐阶对他们说夏言是让自己教导他们，不是提拔他们。夏言听说后对徐阶不满。

嘉靖十八年（1539年）二月，张孚敬（即张璁）去世，徐阶仕途中的一个绊脚石由此消失。五月，世宗为出阁的皇太子朱载壡选拔僚属。夏言不欲徐阶中选，但其后此项人事权在言官的奏请下归入吏部，吏部尚书许赞让徐阶中选。徐阶遂被召回京师，任司经局洗马兼翰林院侍读，官居四品（一说冯恩向夏言推荐徐阶，徐阶才被选为东宫僚属）。

嘉靖十九年（1540年）六月，徐阶之母顾氏卒于华亭，徐阶返乡丁忧。

嘉靖二十一年（1542年）十二月，徐阶升任国子监祭酒。

嘉靖二十二年（1543年）十一月，徐阶升任礼部右侍郎。

嘉靖二十四年（1545年）闰正月，徐阶改任吏部右侍郎。他上任后，在吏部大堂书写戒语“咄！汝阶二十一而及第，四十三而佐天官，国恩厚矣，何以称塞？所不竭忠殚劳，而或植党以摈贤，或殉贿而鬻法，或背公以行媚，或持禄以自营，神之殛之，及于子孙。吁！可畏哉！”（大意是“啊！你徐阶二十一岁及第，四十三岁成为吏部侍郎，国恩已经很厚了，如何称职尽责？如果你不竭尽忠诚、耗尽精力，而是结党营私、排斥贤人，或者收受贿赂、徇私枉法，或者背弃公道、谄媚逢迎，或者拿着俸禄、自谋生计，老天也会收了你，并波及你的子孙。啊！真是值得畏惧啊！”）以自警。十二月，迁吏部左侍郎。任上尽职尽责，锻炼了自己的能力，尤其得到吏部尚书熊浃的器重，获得了贤能的名声。

嘉靖二十七年（1548年）二月，徐阶兼掌翰林院事。

嘉靖二十八年（1549年）二月，徐阶被擢为礼部尚书，仍兼掌翰林院。徐阶刚上任，就赶上太子朱载壡行冠礼及夭折。四月，徐阶请求建储，世宗对此不满，将其疏留中不发。不过世宗也注意到徐阶办事勤快，而且徐阶所撰青词（斋词）让他满意，于是从六月二十四日起命徐阶入直西苑无逸殿，赐饭食及飞鱼服，侍奉自己左右。九月，吏部尚书之职空缺，廷推徐阶出任，遭到世宗呵斥。在此期间，徐阶之子徐璠在应天乡试中请人代笔事发，徐阶请求辞职，也被世宗挽留。

嘉靖二十九年（1550年），徐阶和陆炳施药于朝天等三宫，并加太子太保衔。八月，蒙古俺答入塞，逼近京师，是为庚戌之变。八月二十一日，世宗在西苑召集重臣问计，内阁首辅严嵩认为俺答“不足为患”，徐阶则认为不应轻视，要认真防御，世宗赞成徐阶的意见，并询问对策。徐阶请求用缓兵之计，暂时答应俺答的求贡，但要求他先退出塞外，并将文字由汉文改为蒙古文，在此期间等候四方援兵到来，并请求世宗上朝以提振民心士气，均得到世宗首肯。在此前后，他上了《御虏事宜》《请还大内并召见大臣计议边事》《答边事谕》《请巡视九门》四疏，对京师的防守有详细的规划，并请求亲自巡视京师防备情况。这与当时严嵩的碌碌无为形成鲜明对比，严嵩也由此对徐阶心生忌恨。此后，因徐阶反对按世宗意见祧明仁宗及升祔孝烈皇后，触怒世宗，世宗杖责其支持者都给事中杨思忠以示警告。而且他还在庄敬太子朱载壡死后一年多的时间里五次上疏请立太子（即立朱载坖为太子），都不为世宗所允。严嵩趁机向世宗进谗言称徐阶“所乏不在才……是多二心”。徐阶感到自己处境危险，便加紧巴结严嵩，甚至订下儿女亲家，将自己的孙女许配给严嵩的孙子（严世蕃之子），又更加注重青词的写作，而世宗身边的人也都说徐阶好话，徐阶这才转危为安。

嘉靖三十一年（1552年）三月，世宗正式钦点徐阶入阁，以礼部尚书兼东阁大学士。八月，大将军仇鸾病死，徐阶密疏弹劾其通虏误国之状，世宗命掌锦衣卫事都督陆炳密访，得其实状，乃下令追戮仇鸾，枭示九边。当时严嵩正与仇鸾不相得，并因仇鸾密疏而渐失宠于世宗，不得入直西苑。徐阶成功弹劾仇鸾后，严嵩得以重新入直西苑，而徐、严关系亦由此缓和。

当时，严嵩专权引发许多朝臣的不满，对严嵩的弹劾也此起彼伏，上疏者往往下场凄惨，而徐阶则暗中援救，如沈束、王宗茂、赵锦均被徐阶援救而免于一死。嘉靖三十二年（1553年）正月，刑部员外郎杨继盛发起了对严嵩最猛烈的弹劾，在所罗列的严嵩“五奸十罪”中也谈到徐阶作为次辅听命严嵩，有负皇恩。严嵩则抓住疏中“二王（裕王朱载坖、景王朱载圳）皆知其（指严嵩）奸”一句来挑动明世宗之怒，陆炳奉命调查此事，徐阶对陆炳说：“你即使有个差错，一但涉及皇子，宗庙社稷该怎么办？”又劝严嵩说：“皇上只有两个儿子，一旦深入追究，那肯定不忍心问罪这两个皇子，必定会让其左右僚属顶罪，您为什么要跟王府僚属结怨呢？”但两年后杨继盛还是被处死。杨继盛是徐阶担任国子监祭酒时的监生，加上徐阶还回护过其他严嵩的政敌，严嵩对徐阶也更加怀疑。

嘉靖三十三年（1554年）八月，徐阶以万寿节推恩而加太子太傅衔，进武英殿大学士。其时江南倭患严重，世宗认为徐阶懂军事，再加上他家乡也在倭寇蹂躏的范围之内，所以经常就倭寇问题咨询徐阶。

嘉靖三十七年（1558年）三月，刑科给事中吴时来、刑部主事张翀、董传策上疏弹劾严嵩纳贿误国而获罪充军。吴时来、张翀是徐阶门生，董传策为徐阶同乡，严嵩怀疑三人同日劾奏实为徐阶主使，但拷问后没有得到证据，便就此作罢。徐阶只好继续对严嵩采取隐忍之策，从内阁回家后就称病不出，闭门谢客，并以更“恭谨”的态度创作青词。翌年，徐阶上疏称严嵩“年登八十，本朝阁臣实未尝有，请加优礼”，得到世宗批准。其后，徐阶获加太子太师衔，而世宗对他的倚重也逐渐超过严嵩。

嘉靖四十年（1561年）十一月二十五日，世宗修道之所万寿宫发生火灾，世宗移驾玉熙宫。后又移驾大玄都殿，但这两处宫殿都过于狭窄，世宗不愿久居。严嵩鉴于当时正在重修三大殿，财用匮乏，便提议移驾南城（南宫），然而这里是明英宗被幽居的地方，世宗十分忌讳，从此厌恶严嵩。徐阶则提议用建三大殿的剩余木材重建万寿宫，并推荐雷礼负责重建万寿宫的工程。世宗大喜，立即命徐阶之子徐璠以尚宝司丞兼营缮主事，监督该项工程。

嘉靖四十一年（1562年）三月二十五日，万寿宫建成，徐阶升少师，录用一子为中书舍人，徐璠超升太常寺少卿，严嵩只是每年增加禄米一百石而已。五月，御史邹应龙劾奏大学士严嵩之子工部侍郎严世蕃倚仗父势，受贿弄权，得到世宗批准，严嵩被勒令致仕，严世蕃下狱，后被处死（关于徐阶在此过程中扮演的角色，参见“人物争议”目录）。严嵩倒台后，徐阶成为内阁首辅，在朝房直庐的墙壁上写下“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论”，力图扭转严嵩专权时期的不正之风。

嘉靖四十三年（1564年）八月，以万寿节推恩，徐阶进为建极殿大学士。

嘉靖四十四年（1565年）三月，袁炜去职，内阁只剩徐阶一人。严嵩倒台后，徐阶屡次请求增补阁臣，世宗不允，至此再次请求给内阁增员，得到世宗允诺。四月，严讷、李春芳入阁。十月，户部主事海瑞上《治安疏》，对世宗予以辛辣批判，对徐阶也有所讥讽。世宗震怒，下海瑞于诏狱，欲杀之。徐阶劝谏海瑞不过是图个直言进谏的名声，“杀之则成其名，容之则益见圣德之广”。世宗这才饶过海瑞。

嘉靖四十五年（1566年）三月，裕王朱载坖的僚属高拱与徐阶曾推荐的郭朴同时入阁。而高拱入阁就与徐阶意见经常相左。十月，世宗病重。十一月十九日，素与高拱不睦的给事中胡应嘉看到世宗病重、裕王即位之日不远，恐高拱日后将得重用，故上疏弹劾。世宗已病重，没有过问。胡应嘉是徐阶的同乡，高拱因此怀疑胡应嘉的上疏是徐阶主使的，遂于徐阶嫌隙愈深。十二月十四日，世宗驾崩，徐阶先让裕王入宫主丧，接着召来自己的门生、时任翰林院侍读学士的张居正（张居正被选为庶吉士时由徐阶掌翰林院事），起草世宗遗诏，内容包括凡斋醮、土木，珠宝、织作悉罢之，“大礼议”系狱、言事得罪诸臣均复任用，等等。这道旨在拨乱反正的遗诏被公开后，朝野为之庆贺。此外，他还起草了裕王的登极诏，助力政局平稳过渡。十二月二十六日，裕王朱载坖登基，改元隆庆，是为明穆宗。

徐阶起草世宗遗诏时，是瞒着同僚高拱、郭朴的，高拱对徐阶更加不满，于是联合郭朴加紧对徐阶的攻势。起初高拱想攻击徐阶矫诏，但言官不响应，他也只好作罢。隆庆元年（1567年）正月，高拱、郭朴又报复胡应嘉，欲将其罢官削籍，徐阶起初同意，但言官纷纷伸救胡应嘉，徐阶就拟了削籍和外贬两道旨意呈给穆宗，穆宗批准外贬。五月，高拱的门人广东道试御史齐康以高拱屡被论劾，认为是徐阶在暗中主使，乃上疏弹劾徐阶各种贪污不忠之状，包括“先帝欲建储，阶坚执不可，及皇上登极，有疑惧心，遂诈称疾以尝上意，又与大学士李春芳声势相倚”。穆宗切责齐康妄言，令徐阶安心视事。徐阶为自己辩解，并屡次请求致仕，穆宗不允。于是言官陈瓒等均弹劾齐康，请治其罪。大理寺丞海瑞亦上疏称徐阶忧勤国事，批评齐康甘为鹰犬。穆宗乃重责齐康，将其贬官。高拱迫于压力，上疏辞职，得到批准。

隆庆二年（1568年）二月，徐阶以历一品俸再满九年，上疏请求致仕，穆宗不允。此后，徐阶陆续上了不下二十道乞求致仕的上疏，穆宗都不允，七月，户科左给事中张齐弹劾徐阶，穆宗斥其斥肆意诋诬首辅，调外任用。徐阶两次上疏乞休后，穆宗于七月十九日批准徐阶致仕。据说穆宗此次批准徐阶致仕是与徐阶有隙并受过高拱贿赂的宦官李芳在幕后发挥了作用。九月初四日，徐阶抵达华亭。

隆庆三年（1569年）三月，徐阶得了足疾，从此谢客不出。六月，海瑞出任应天巡抚，锐意整顿苏松钱粮赋役。勒令苏松豪门退田，当地百姓纷纷控告，其中不乏刁讼。徐阶家族在当地占田六万亩以上（另有十万、十八万、二十四万乃至四五十万亩等说法），因此饱受诉讼者之骚扰，徐阶虽感到痛苦，但也理解海瑞此举“初意亦出为民”，只是“稍涉偏颇”。翌年三月，海瑞因结怨权贵而遭弹劾，徐家才免于被骚扰。

另一方面，高拱在徐阶致仕五个月后复出入阁，表示自己已放弃对徐阶的恩怨，徐阶致书答谢。但实际上，高拱并未放过徐阶，他连上《正纲常定国是以仰裨圣政》及《辩大冤明大义以正国法》两疏，中心意思是徐阶“欺谤先帝，假托诏旨”，欲置他于死地。穆宗并未处置徐阶，据说是因为“不甚解”。隆庆五年（1571年），高拱又利用孙克弘之狱打击徐阶。其时华亭有个叫顾绍的人至京师举报徐家在嘉靖四十三年（1564年）诓骗延误转运颜料银事，又有沈元亨欲告徐家涉嫌揽侵起解钱粮等事。徐家便派与自己过从甚密的同乡孙克弘的家仆孙五潜入京师，劝阻顾绍，并求起用徐阶，孙五在徐州遇到孙克弘，孙五保证可打点首辅李春芳以升孙克弘为河东盐运使，孙克弘相信，即写票帖一封、礼柬两个及银二百两交与孙五。孙五于三月初五到京，将从孙克弘处诈骗来的银子挥霍五十两。又有徐堂等人见其可疑，得知其诈骗孙克弘，遂向孙五挟银若干。其间孙五与顾绍再三讲说，许银两千两，并将沈元亨告状本词夺回。后孙五于四月二十八日为中兵马司捉拿在案。孙克弘不仅下狱，还牵连到徐家在京师的布行店铺及经营人员。经营这些布行的朱堂等人为规避赋役，将田产投寄抵押于徐阶的几个儿子，折取资金与徐府合资做布行生意。高拱一派的言官韩楫、宋之韩等指控徐家开的这些布行的真实目的是“钻刺打点，希图起用”。在处理完孙克弘及孙五、顾绍等后，高拱在七月安排曾被徐家家奴羞辱过的前苏州知府蔡国熙出任苏松兵备副使，将孙克弘之狱扩大化，纠察徐家田产诉讼事、逋负官钱事以及家奴不法事。徐阶长子徐璠、次子徐琨充军戍边，少子徐瑛削籍为民。徐府田产没官，门庐被焚，徐阶到他乡躲避，于万般困窘之中致书高拱，请求放他一马，言辞非常悲哀。高拱表示自己将尽力帮助，但实质上并未起到作用。隆庆六年（1572年）四月，蔡国熙调任山西督学，五月穆宗崩，六月高拱罢，徐家之祸至此乃解，徐阶也终于过上了平静的晚年生活。

万历十年（1582年）四月，首辅张居正请求存问徐阶，予以优礼，明神宗乃派礼部行人司行人涂时相存问，赐赐银五十两、大红纻丝蟒衣一袭、彩段四表里。万历十一年（1583年）闰二月二十六日，徐阶去世，享年八十一岁。四月十八日，徐阶死讯传至京师，神宗对徐阶赐祭九坛，复加四坛，赠太师，赐谥号“文贞”。

徐阶为人处事擅于谋略算计，是玩弄政治权术的高手。嘉靖末年，他有扳倒严嵩之功。主政之后，又标榜“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论”，由此播得盛誉。特别是在嘉、隆交替之际，他起草遗诏，“凡斋醮、土木、珠宝、织作悉罢；大礼、大狱、言事得罪诸臣悉牵复之”，使“朝野号恸感激”。徐阶拨乱反正、救弊补偏的举措顺应了民心，对稳定政局有着积极作用。他任首辅时，南京振武营士兵屡次哗变，徐阶想要裁汰。但投鼠忌器，顾虑孝陵，故先令操江都御史唐继禄督江防兵驻孝陵旁，然后慢慢让兵部将这些士兵分散。终于圆满解决。又有一群小宦官在午门公然殴打御史，都御史王廷准备弹劾，徐阶则提醒他要先知道为首者的名字，否则可能会有被反诬的风险，于是徐阶先派人好言好语疏通大太监，得到聚众打人的为首者的名字，然后王廷才上疏，使这群宦官得到惩治，这些事迹显示他“持正应变”的为政作风。

但是，进入隆庆朝以后，众多有识之士针对嘉靖中期以来空前严重的政治危机，已不仅仅满足于拨乱反正、救弊补偏，而是迫切要求整顿改革、振兴朝政。这时各种主张改革的呼声一浪高过一浪。面对这种新局势，徐阶不仅不跟上时代发展的步伐，反而仍然以他在《遗诏》中提出的恢复祖宗成法的老套来应对。通观他在致仕前所上的奏疏，也都是一些“致君尧舜上”的旧套，他向穆宗所的所谏言多为宫禁私事，名为持诤宫禁，关注皇帝生活，其实关注的仍是自己如何保位固宠，根本没有提及改革原有政治体制和经济体制的内容。在隆庆前期，徐阶一直奉行的是救弊补偏、恢复旧制的政治纲领。

徐阶是心学家聂豹的弟子。他被贬至延平后，他著《学则》一书作为讲章，广招门徒，大力宣扬阳明心学。督学江西时，他在南昌建“仰止祠”，专祀王阳明。入阁后，他大力倡导讲学活动，使其极盛一时。主会者联讲两个月之久，其盛为数百年所未有。他以首辅之尊，亲自主持讲学，并一再邀请各地来京朝觐官员和朝廷各衙门官吏听讲，规模比较大的有嘉靖三十九年（1560年）在象所讲学与嘉靖四十四年（1565年）在灵济宫讲学。在此影响下，巡抚江南的官员都会修书院，召集儒生讲学，以迎合徐阶。有观点认为，徐阶倡导讲学不仅助长了官场上追逐功名利禄的腐败之风，而且也使阳明心学陷入了谈虚论玄的境地。许多人借讲学的幌子“把持郡邑，需索金钱”，张居正目睹这些乱象，当政后大毁书院，以刹住徐阶所倡导的讲学之风。

徐阶从小活泼可爱，天资聪颖，徐黼夫妻视为掌上明珠。徐阶长到六岁，县太爷聘了城内曹门坊郑秀才为塾师，给儿子启蒙授业，塾馆设在县前城隍庙南侧迎恩门外三元宫。从县衙去三元宫须经城隍庙门口，别无通道。春来夏去，徐阶勤学不辍，每日三趟往返于这条路上。一天深夜，徐黼办案回衙，颇感疲劳，翻身上床，呼呼入睡，一忽儿便进入梦乡。恍惚间来到城隍庙，只见城隍庙门大开，城隍案前灯烛通明，香烟缭绕，城隍爷离案相迎，县太爷诚惶诚恐。宾主落座后，城隍爷笑吟吟地说道：“太爷恭喜、恭喜！”徐黼一惊，城隍又说：“太爷贵子徐阶原来是天界文曲星下凡，来日状元及第，前途无量。文曲星宿每日几次往返门口，本官须起身示敬，时日长，实在烦累，太爷能否另辟他途？”徐黼听着吓出一身冷汗，急忙跪说：“犬子无礼，不敢不敢！”说罢惊醒，却是南柯一梦。次日，徐黼命衙役众人于城隍庙后城墙脚开出一条小道，此后徐阶上学均走此小路。

徐阶幼年时，曾被父亲徐黼安排在宣平一处古刹读书，该古刹以多鬼魅著称，连古刹里的僧人都深受折磨，徐阶住进去后，却没有鬼魅出现，徐黼由此对徐阶另眼相看。

徐黼后来带着徐阶道江西宁都赴任，有一次徐黼到外地出差，回到宁都时，看到出迎的徐阶，说：“父远回，子远迎，父子之恩，天性也。”不到十岁的应声回答：“君居上，臣居下，君臣之义，人伦哉。”徐黼对徐阶的天赋更加惊异，于是教他写文章，徐阶也很快学会写文章。

后来，徐阶应考，适逢风吹鹤巢坠地，宗师命对云：“风落鹤巢，二三子连窠及地（连科及第）。”徐阶即回答：“雨淋猿穴，众诸猴（侯）带露（待漏）朝天。”

徐阶督学浙江时，阅卷时发现一名士子在八股文中用了“颜苦孔之卓”这个典，他眉头一皱，顿觉眼生，百思不得其出处。遂拿起笔，画了个黑杠，批上两个字“杜撰”，然后将其置于四等，等于是不及格。不过，凡卷子上有主考的不佳评语，考生照例要到堂上“领责”，也就是去受训斥。这位士子捧着卷子上去，为自己申辩：“大宗师见教诚当，但此语出《扬子法言》，实非生员杜撰也。”徐阶听后，连忙站起来说：“本道侥幸考中功名太早，没有读过什么书！”并向秀才作揖说：“承教了！”然后将其改置一等。

徐阶告老回乡后，遍请亲戚故旧，其中有一个人偷取了酒席上的一只金杯，藏在帽子里，正好被徐阶看见。酒席将散，主持酒宴的人检查器具，发现丢失了一只酒器，到处寻找。徐阶说：“杯子还在，别找了。”这时偷杯之人却因为酒醉不稳，帽子以及连同金杯都掉了下来，徐阶看见后立马转过身去，叫下人还把杯子放入那人的帽中。

徐阶致仕后，因应天退田、孙克弘案等问题饱受官司困扰。其同乡张瑞拜访他时，特地送给他一个“忍”字，徐阶则回赠“忘”字。

徐阶有诗文集《世经堂集》《世经堂续集》传世，此外有《徐氏族谱》《少湖文集》《徐相公集》等作品。另有书法集《徐太师文贞公宝纶阁法帖》传世。他还曾编辑岳飞和费宏的文集。

嘉靖四十一年（1562年）五月，御史邹应龙弹劾严世蕃，成为严嵩下台的导火线。而此举多被认为与徐阶有关，主要有四说：

有观点认为，徐阶行事稳健，交结蓝道行并将扶乩告知邹应龙，均属险招，不符合徐阶的作风。徐阶只是隐忍待时，无需授意邹应龙弹劾严嵩。

徐阶墓为浙江长兴县级文物保护单位，位于长兴东山，整个徐阶墓园分为墓葬区和墓庐陈列展示区。正前方是月池、祭坛、和墓室；右侧是徐阶墓的守墓墓庐、明代古井、神道碑刻等。

《大明王朝1566》（2006年电视剧），肖竹饰