北宋太宗三年，将尚药局的内药院更名为“御药院”，隶属内侍省，崇宁二年又改归殿中省。这样便形成了尚药局、御药院共同供奉御药的局面。御药院以入内供奉官掌管。宋徽宗二年，增置内臣监官为御药院的奉御，以院官使为医师，以医官使为御医；医官副使为医正，医官为医佐；杂役秤子、捣碾子类为药工。

御药院主要职能有：保管、加工、炮制国内外进贡到宫廷的药物，组织采购药材；奏敕出使颁赐施散药物，若大臣有病，皇帝常派出御药院的医官前去赐药，在疫病流行之时，御药院也经常和翰林医官院共同派医官赴灾区送药；有时御药院掌礼文兼受行典礼及贡举之事；御药院和尚药局共同负责御药的供奉。御药院之设立，使得北宋全国性药材管理工作获得加强，这与设立翰林医官院同样是北宋医药管理机构改革的成果。