微波医学应用就是一种有益的微波生物效应，它包括微波诊断、微波治疗、微波解冻、微波解毒和微波杀菌等。有害的微波生物效应包括引起眼晶状体混浊的视觉效应；抑制精子产生的微波生殖腺效应；影响受精胚胎，使胎儿畸形和发育缓慢的微波染色体效应和可能的微波遗传效应；引起失眠或嗜睡、头痛、头晕、疲乏的中枢神经效应；引起血液动力学失调、心律加快或变慢、心脏房室传导阻滞、心肌病变的微波心血管效应；影响铁的代谢及血红蛋白合成和白血球减少的微波造血系统效应以及影响内分泌及其他生理功能的微波效应等。

生物体是一个高度复杂的自适应系统，它具有适应环境变化的能力，并具有补偿外界环境施加于它的影响的能力。因此，若所引起的微波生物效应是在生物体的生理补偿范围以内的，则微波生物效应不一定意味着是一次伤害，停止受到微波照射一段时间后，已出现的现象会自行消失。