3.1引言

3.2编码蛋白质基因的预测

3.3编码RNA基因的预测

3.4鉴定启动子

3.5操纵子的鉴定

3.6基因的功能类别

3.7基因组中其他性质的特性描述

3.8基因组尺度的基因作图

3.9现有的基因组注释系统

3.10总结

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第4章微生物进化的基因组学

4.1引言

4.2直向进化同源基因的鉴定

4.3基因组中的分子钟

4.4水平基因转移的基因组

4.5基因重复、基因缺失和其他进化过程的基因组学

4.6系统进化树

4.7最小基因组

4.8基于生活方式进化的基因组学观点

4.9基因组学有关线粒体进化的观点

4.10总结

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第5章基因功能预测的计算方法

5.1引言

5.2基因功能推断的方法

5.3从基因序列到功能

5.4序列基序的鉴定

5.5以结构为基础的功能预测

5.6非同源的方法进行功能推断

5.7在系统水平上的功能推断

5.8总结

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第6章DNA微阵列技术

6.1引言

6.2微阵列的种类和优点

6.3微阵列制造

6.4微阵列杂交和检测

6.5微阵列图像处理

6.6用微阵列技术去监测基因表达

6.7总结

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第7章微阵列基因表达谱数据分析

7.1引言

7.2微阵列基因表达数据的归一化

7.3数据分析

7.4差异表达基因的识别

7.5共表达基因的识别

7.6基因表达数据分析在途径推理的应用

7.7总结

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第8章诱变

8.1引言

8.2转座子诱变

8.3通过等位基因交换进行定向突变

8.4反义mRNA分子导致基因沉默

8.5总结

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第9章质谱

9.1引言

9.2质谱的基本原理

9.3蛋白质和肽的质谱基础

9.4蛋白质和蛋白质组鉴定中的质谱

9.5总结

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第10章蛋白质?配体相互作用的鉴定

10.1引言

10.2可读框的高通量克隆

10.3酵母双杂交选择系统

10.4使用噬菌体展示来检测蛋白质?配体的相互作用

10.5在蛋白片段互补实验中检测相互作用

10.6利用质谱仪研究蛋白质?蛋白相互作用的图谱

10.7蛋白表达谱以及相互作用中的蛋白质阵列

10.8表面细胞质基因组共振生物传感器分析

10.9总结

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第11章模式生物的功能基因组学：从新的视角看老问题

11.1引言

11.2大肠杆菌：模式真细菌

11.3枯草芽孢杆菌（Bacillussubtilis）：革兰阳性菌的典范

11.4酿酒酵母：高等真核生物的模型

11.5模式真核生物的比较基因组学

11.6总结

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第12章病原菌与环境中重要微生物的功能基因组分析

12.1引言

12.2通过基因组序列与功能注释研究细菌的致病机理

12.3比较基因组学：研究细菌致病性的线索

12.4用信号物标记突变来发现新的感染相关基因

12.5应用微阵列描绘基因的功能和相互作用

12.6病原菌的蛋白质组学

12.7环境中重要微生物的基因组测序以及功能分析

12.8总结

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第13章基因组学对抗菌药物发现及毒理学的影响

13.1引言

13.2抗生素药物的发现：历史回顾

13.3新药开发所遇到的挑战

13.4微生物基因组学和药物靶点的筛选

13.5确定治疗用途：药物靶点筛选和验证

13.6基因组学和毒理学：毒物基因组学的产生

13.7总结

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第14章微阵列基因组技术在突变分析和微生物检测中的应用

14.1引言

14.2寡核苷酸微阵列用于突变分析

14.3微阵列用于自然环境中微生物的检测

14.4总结

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第15章展望未来：基因组学将超越单细胞学

15.1引言

15.2微生物学的信息基础：基因组序列

15.3基因功能和表达调控网络

15.4生态学和进化

15.5系统水平理解微生物群落动力学

15.6总结

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