因环境条件变化打破了正常的生态平衡体系，抑制一些微生物生长而促进另一些微生物旺长，形成了不同于正常微生物群落结构的有害微生物群落，改变原来的生态功能，造成了环境质量的恶化，直接或间接地影响其他生物的生存。与另外两种类型的微生物污染相比，这类微生物污染的毒性作用范围更广， 后果更为严重。有害微生物群落的物种构成可能包括细菌、真菌、藻类、原生动物等各种微生物，不仅包括了有害微生物种类，甚至包括了一些正常条件下的有益微生物种类。

从此可知，对于生态毒理学来说，凡是对生态系统有害的微生物及其群落均为有害微生物。因此，这类微生物群落的种群并不是确定的，而会随环境条件的变化而改变。

病原微生物是指可以通过一定的机制侵染动物、植物及其他微生物，并使其生病或死亡的一类微生物。

人与动物的病原微生物：引起人与动物生病的病原微生物种类很多，有寄生虫、真菌、细菌、病毒、阮病毒等。病原细菌的数量最大，引起的疾病最多，是人与动物传染性疾病的元凶之 一。病原细菌包括革兰氏阴性和阳性菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体等，至少有110个属的细菌会引发人和动物的疾病。

迄今为止，已发现大约有100多种病毒与人类和动物的疾病有关。由于病毒对抗生素不敏感而成为目前人与动物最凶悍的杀手。这是一类只有核酸和蛋白质组成的生命体，无独立生存能力，行寄生生活。然而病毒的繁殖能力极强， 在很短时间内就会在一个宿主细胞内产生高达10万个之多的病毒，造成宿主细胞崩解和组织系统损伤。

一般认为，人与动物的病原真菌并不多，大约只有400多种。病原真菌对动物的毒性作用并不太强，但它们是最顽固的病原微生物，染病后很难治愈与根除。根据发病部位将真菌病分为浅部和深部真菌病。真菌除直接引起细胞性感染外，更多的是分泌真菌毒素导致人与动物生病。

寄生虫病是严重影响人类和畜禽健康的另一大类传染病。迄今为止，世界上仍有数以亿计的人患有疟疾病、血吸虫病、淋巴丝虫病，受这些寄生虫威胁的人群更是高达患病人数的10倍以上。此外，全球感染钩虫、蛔虫的病人数较上述寄生虫病人更多，发病率更高。

植物病原微生物：植物病原微生物是又一类微生物污染物，它们会使农作物、果树、牧草以及森林发生大面积的传染病，造成巨大的经济损失和环境破坏。植物病原微生物包括真菌、细菌、放线菌、螺原体、类立克次氏体、类菌原体、病毒、类病毒等，其中真菌病原菌种类最多，对植物毒性作用最大。其次是病毒，已知的植物病毒有900多种，且推测这仅仅占到植物病毒种类的10%。而细菌主要侵染高等被子植物，每种粮食、蔬菜、果树等作物上几乎都会有·种或几种细菌感染。

微生物的病原体：微生物也会被病原体感染而患病，甚至死亡。这些病原体就是病毒。细菌、真菌、藻类、原生动物等具有细胞形态的微生物，都有相应的病原病毒，细菌和放线菌的病毒又被称为噬菌体。微生物的病毒也是仅由核酸与蛋白质组成，其核酸或单链或双链，或DNA或RNA。噬菌体的核酸大多数为DNA，少 数为RNA，而至今发现的真菌病毒都是dsRNA，藻类病毒则都是dsDNA。噬菌体的基本形态为蝌蚪形、球形和线形三种，而真核微生物的病毒呈球形，如蘑菇病毒，少数也有枪弹状或砖形。

微生物毒素是一类由微生物合成并释放到寄主生物体内或生态环境中杀伤其他生物的有毒物质。根据这一定义，微生物毒素应该包括杀伤人、动物、植物和微生物的所有由微生物合成的有毒物质。然而，根据传统，总是把杀伤微生物的这类有毒物质从毒素中划分出去，称作抗菌素，仅将毒伤人和动植物的微生物产物称作微生物毒素。 各类微生物，包括病毒、细菌、真菌、藻类和原生动物等，都会合成微生物毒素。微生物毒素种类繁多、结构多样、功能各异。目前已发现的细菌毒素有220 多种，真菌毒素不下200种。藻类和线虫毒素多种。

此外，还发现病毒也可编码微生物毒素。一般来说，细菌毒素大多为多肽和脂多糖类大分子化合物，而真菌毒素大多为一些小分子化合物。藻类与原生动物的毒素则有多肽，也有小分子毒素依照毒素的细胞学特性，又可将它们分为内毒素和外毒素。内毒素是细胞壁的组成成分，只有当细胞破裂或溶解时才可释放出来。外毒素则是在细胞生长期间从完整细胞中释放出来的代谢产物。一般来说，外毒素有着比内毒素更强的毒性。

微生物污染常见的是空气的微生物污染和水的微生物污染。空气虽然不是微生物产生和生长的自然环境，没有细菌和其他形式的微生物生长所需要的足够的水分和可利用的养料， 但由于人们的生产和生活活动使空气中可能存在某些微生物， 包括一些病原微生物如结核杆菌、白喉杆菌、金葡菌、流感病毒、麻疹病毒等，可成为空气传播疾病的病原。

室内空气微生物污染是呼吸道传播疾病的主要原因，微生物可附着于尘埃、飞沫小滴以及小滴核上，并以它们作为介质进人体内而引起疾病。易感者只要与传染源有短时间的接触即有可能发病。病原微生物通过空气传播的疾病主要有：肺结核、肺炎链肺炎、流行性脑脊髓膜炎、白喉、百口咳流行性感冒、流行性腮腺炎、麻疹、天花、水痘等。

水是微生物广泛分布的天然环境，无论地面水、地下水甚至雨水或雪水都含有多种微生物。水中的微生物大部分来自土壤，小部分是和尘埃一起由空气中沉降下来的。此外尚有一小 部分是随垃圾、人畜粪便以及某些工业废弃物进人水体的。水体中的病原体主要来自人畜粪便。由于某些病原微生物污染水体后可引起传染病的爆发流行，对人类健康造成极大的威胁。

常言说“百病从口入”，水是人类生存所必不可少的。现 代流行病学统计表明，由于饮水而引起的疾病占总发病数的一半以上。通过水传播的疾病主要有沙门氏杆菌病、志贺氏菌病、霍乱、副霍乱、弯曲杆菌性肠炎、病毒性肝炎、病毒性胃肠炎、阿米巴痢疾等，其中以胃肠道疾病最常见。

微生物污染食品的途径可分为两大类：内源性污染和外源性污染。

凡是作为食品原料的动植物体，由于本身带有的微生物而造成的食品污染称为内源性污染，也称第一次污染。如畜禽在饲养期间，其消化道、上呼吸道和体表总是存在一定类群和数量的微生物；受到沙门菌、炭疽杆菌等病原微生物感染的畜禽的某些器官和组织内会有病原微生物存在。

食品在生产加工、运输、贮藏、销售、食用过程中，通过水、空气、人、 动物、机械设备及用具等发生的微生物污染称为外源性污染，也称第二次污染。

水污染，水既是食品的原料或配料成分，也是清洗、冷却、冰冻等食品生产加工过 程中不可缺少的物质，设备、环境及工具的清洗也需要大量用水二各种天然水源（地表水和地下水）不仅是微生物的污染源，也是微生物污染食品的主要介质。自来水是天然水净化消毒后供饮用的，正常情况下含菌较少，但若自来水管出现漏洞、管道中压力不足或暂时变成负压时，则会引起管道周围环境中的微生物渗漏进人管道，使水中的微生物数量增加。生产所用的水如果被生活污水、医院污水等污染，就会使微生物数量骤增，水中不仅含有细菌、病毒、 真菌、钩端螺旋体，还可能含有寄生虫，用这种水进行食品生产会造成严重的微生物污染，甚至可能导致其他有毒物质污染。所以水的卫生质量与食品的卫 生质量密切相关，食品生产用水必须符合饮用水标准。

空气污染，空气中的微生物可能来自土壤、水、人及动植物的脱落物和呼吸道、消化道的排泄物人体的痰沫、鼻涕与唾液的小水滴中含有的微生物包括病原微生物，它们可随着灰尘、水滴的飞扬、沉降而污染食品，人在讲话或打喷嚏时， 距人体1.5m的范围内是直接污染区。因此不应使食品直接暴露在空气中。

人及动物接触污染，从事食品生产的人员，如果不经常清洗身体、衣帽，会有大量的微生物附在其上，通过皮肤、毛发、衣帽与食品接触而造成污染；食品在加工、运输、 贮藏及销售过程中，如果被鼠、蝇、蜂螂等直接或间接接触，同样会造成微生物污染。研究发现，每只苍蝇带有数百万个细菌，80%的苍蝇肠道中有痢疾杆菌，鼠类粪便中有沙门菌、钩端螺旋体等病原微生物。

加工设备及包装材料污染，食品生产加工、运输、贮藏过程中所用的各种机械设备及包装材料，在未经消毒或灭菌前，会带有不同数量的微生物而污染食品，使用未经消毒灭菌的设备越多，造成微生物污染的机会也越大。已经消毒灭菌的食品，如果使用的包装材料未经灭菌处理，则会造成食品的二次污染。

预防微生物的污染主要是通过减弱或消除微生物污染食品的各种因素和机会来实现的。要减弱或消除微生物污染，就要在原材料的收集、前处理、加工、运输及贮藏等各个环节严格控制，加强环境卫生的管理，从生产的环境、设备和工作人员等各个方面尽可能减少微生物污染食品的机会，防止微生物污染食品。食品原料在加工前，不论是动物性的还是植物性来源的， 都会受到一定程度的微生物污染，因此要选择优质健康的原材料进行生产。原材料的运输和贮藏会进一步增加微生物污染的机会，要有抑制或杀灭微生物的措施，防止微生物的迅速繁殖而避免在加工前即发生原料的腐败变质。

土壤微生物污染的预防。目前所采取的措施主要有两个：①加强对人、 畜粪便的管理，采取高温堆肥、沼气发酵、消毒等措施，对粪便、污水、垃圾进行无害化处理后再用于农田旅肥、灌溉，这是防止土壤微生物污染的 重要措旅；②直接对土壤施药杀菌和消毒。高温堆肥、沼气发酵中产生的高温和缺氧状态，可杀死病原微生物和寄生虫卵。高温堆肥和沼气发酵法必须符合卫生部制定的相应卫生标准。

在生活中还需要做以下措施来预防微生物污染带来的危害：

①加强卫生宣传：告诉群众，不吃不清洁的食物。凡是肉、鱼、蛋等食品均应充分煮熟后食用。 ②搞好厨房卫生：要经常打扫干净，夏季应有防蝇设备，积极消灭老鼠、苍蝇、蟑螂等。 ③不用生粪对蔬菜施肥。蔬菜食用前必须用清水洗净， 最好熟食。夏季吃生冷蔬菜及瓜、果时均应洗净，最好用开水烫过。剩余的隔餐饭菜，特别是肉类，食前应重新加热。 ④作好患传染病病畜及家禽的隔离及治疗。病畜在宰后或病死后，除炭疽病外（可请当地兽医确定），一般均可食用，但食用时必须将其充分煮熟。病畜肉不准出售。 切、盛生肉的用具，不要再用来切、盛熟肉或其他食品。 必须用时，应煮沸消毒或用开水烫洗过，才能使用。 ⑤食品工作人员，应政治可靠，身体健康，经常搞好个人卫生，工作前大小便后要洗手。伤寒、痢疾、传染性肝炎等病的患者或带菌者，应调离或治愈后再从事本项工作。

空气是人类赖以生存的重要因子，但空气中存在着相当数量的微生物，其中的病原微生物通过尘埃、飞沫传播,影响人体健康。室内空气中微生物数量的多少与居室环境、清洁卫生状况、人员密度和活动情况、空气流通程度等因素有关，通过采取一定手段，可将室内微生物的数量降至较低水平，从而减少微生物污染。

在发达国家具有代表性的新的食品安全性问题包括：微生物污染、自然环境的食品毒素、农药及其他化学品残留物、兽用药物残留、食品添加剂的不正确使用等。特别是环境污染和化学药品的不正确使用越来越成为现代人类生活的主要隐患。

手术器械污染菌数随手术时间延长而增加，污染的菌类与空气中者较一致。以无菌单遮盖，用后及时擦去血迹，减少人员流动量，均可使器械污染菌量减少。