大规模、集约化畜牧场的出现，大量的畜禽粪、尿和污水导致环境污染，国外曾有“畜产公害”之称。目前，我国的“畜产公害”十分严重。对畜禽粪尿污染的治理方法很多，如沼气发酵，还有快速烘干等，还可利用某些微生物对废弃物的分解，将自然界的生物循环引导到更利于维护生态环境的方向。近年来各国微生物专家研制出一批用于处理畜禽粪便和治理污水的微生物生态环境保护剂，如用于养猪业的环境清洁剂——木糠床微生态菌剂，在许多国家和地区都已广泛应用。中国台北在推广木糠床养清法过程中，研制出适合于高温、潮湿气候的亚罗康免洗猪舍养猪法，亚罗康微生物制剂除具有活菌饲料添加剂的功能外、还有消除畜禽粪便恶臭、净化饲养环境的独特功效。微生物生态环保制剂还包括快速堆肥制剂和污水处理微生态菌剂等。