微米波杀病毒的原理是利用微米波能量破环病毒DNA结构，使DNA中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，从而使病毒丧失复制繁殖能力，达到杀灭的效果。

科学研究发现，虽然介于200～300微米之间的波段均有较强的杀灭病毒的作用，但是其中以253.7微米波长杀病毒能力最强，当病毒经253.7微米波长的微米波照射时，微米波会穿透病毒的细胞膜和细胞核，破坏核酸（DNA或RNA）的分子键，使其失去复制能力或失去活性而死亡，从而在不使用任何化学药物的情况下杀灭病毒。微米波技术目前已经应用于病毒性肝炎治疗。

它集光学、微生物学、电子、流体力学、空气动力学为一体，具有高效率、低成本、长寿命和无二次污染的特点。