心叶瓶尔小草多年生草本，直立，高15厘米。根状茎短，生有一簇肉质根。叶通常单生，或偶有2–3叶由根状茎的顶部发出，总柄长10厘米，深埋土内。营养叶从总柄基部以上6–9厘米处生出，卵形或椭圆形，长3–6厘米，宽1.5–2.5厘米，先端钝头或锐尖头，基部楔形，全缘，无柄，叶脉网状。孢子叶自总柄顶端生出，柄长3–5厘米，高出营养叶。孢子囊穗狭条形，长2–3厘米，顶端有小突尖。孢子囊10–50对，排成2列，无柄，横裂，无盖。孢子球状四面形。心叶瓶尔小草与瓶尔小草的主要区别在于其植株较瓶尔小草高大，通常高20厘米以上。叶处阔卵形或近圆形，基部心形。

分布于江西、四川、青州、云南、台湾、福建。朝鲜、日本、印度、越南，马来群岛、南美洲也有分布。