1933年，同蒲铁路由阎锡山主持修建，北段（大同至太原段）于1933年11月开工，因抗战爆发停工，日占后复工于1939年竣工。同蒲铁路过怀仁市设站。

1949年6月7日成立了军委铁道部太原铁路管理局，同蒲路各段线路及站段均属之，怀仁站属大同分局管辖。

1951年8月，同蒲铁路全线恢复通车。

1951年8月9日，太原铁路管理局并入天津铁路管理局，怀仁站仍属大同分局。

1971年1月1日，太原铁路局第二次成立，怀仁站仍属太原铁路局大同铁路分局。

1983年1月1日，太原铁路局并入北京铁路局管理，怀仁站属北京铁路局大同铁路分局管辖。