在《巴比伦史诗》（Enuma Elish）里，深渊王阿普斯（Abzu）痛恨后代的怠惰罪恶，决定要放洪水将所有创造物毁坏，但身为孙子的恩基却将深渊王关在地底，避免了这场浩劫，深渊王阿普斯后来在监禁中死去，成为日后的冥界。金古（Kingu，巴比伦的“黑暗之神”，阿普斯之子）把这个消息告诉了母亲提马特（Tiamat，Ti=生命，Ama=母亲，意即“生命之母”）。提玛特是混沌时期即存在的古老雌龙，同时也是万物的祖母，咸水（Lachmu）与淡水（Lachamu）的母亲。蒂雅玛特知道阿普斯的死讯之后，便与儿子金古结婚，带领巨人军团为阿普斯报仇。

众神十分惧怕，但恩里尔以锐利的风之箭切开了提玛特的喉咙，将她撕裂成两半，上半部成了天空、下半部成了陆地、体液成了云，而眼泪变成了两河流域的支柱--底格里斯河（Tigris）与幼发拉底河（Euphrates）。提玛特的血液，被马尔杜克（恩基的儿子，生于深渊）做成第一代的人类。《巴比伦史诗》中，恩尼尔的角色后来多为恩基之子马尔杜克所取代。不过众神罢工的问题依然没有解决，要如何继续创造的工作呢？恩基提议让众神制作人类，让人类代替神祇继续创造的工作，众神同意了。于是，马尔杜克用红土混合提玛特的红色血液捏成形（另有一说是用金古之血），再由恩基吹入空气，人类就此诞生。从此人类就肩负著保持自然平衡以及秩序的任务。

恩基与阿达帕

关于阿达帕（亚当）的故事，很多其他传统里都有类似的主题：人类原本和神一样具有永生，或是有机会得到永生，却因为某些原因而丧失了这个机会。阿达帕是埃利都城的首位王，另一个姓名是阿伯加鲁（Abgallu，Ab=水，Gal=大，Lu=人，即“水之 英雄”）。阿达帕因为折断南风女神宁里尔（Ninlil，Nin=小姐，Lil=空气，安努的女儿、恩利尔妻子）的翅膀，即将受审。阿达帕六神无主，向守护神恩基请示，恩基要他诚心忏悔弥补，但是不要接受任何饮料和食物，因为安努在愤怒之下很可能会赐予他亡食与死水。不过正因为阿达帕诚心诚意的忏悔，安努受到了感动，于是赐给他永生食粮与生命之水。由于阿达帕听了恩基的话，所以没有接受，却也因此而错失了得到永生的机会。

自然平衡

恩基和宁荷莎（Ninhursag）生下了一个女儿宁莎（Ninsar，sar= 绿色）。宁荷莎离开恩基之后，恩基与宁莎生下了宁古拉（Ninkurra，kurra=丰饶），之后又和宁古拉生下了乌杜（Uttu，蜘蛛）。当恩基又想要故技重施对乌杜出手时，乌杜对于自己的父亲（同时也是祖父及曾祖父）好色之行径十分痛恨，于是向宁荷莎求救。宁荷莎也对恩基十分不满，于是答应帮助乌杜，嘱咐她远离河岸以免被恩基攫走。宁荷莎将恩基的精液种在土中，瞬间发芽长出了几株植物。恩基看见这些植物上结有果实，便摘下来吃，没想到被宁荷莎下了毒，全身都不舒服。

宁荷莎最后觉得自己做得过火，于是将恩基的“水”（精液）放进自己的体内，并且生出可以治疗全身各部位的神祇来治疗恩基。最后一位神宁蒂（Ninti，ti=肋骨，与“生命”同音），恰好和宁荷莎的称号同音。这个故事隐喻著，生命是在水与土壤的结合中不断被创造出来的，植物要能够结果需要水分。同时，恩基的故事也暗示了维持平衡的重要性，过多或过少都不适宜。在这个故事里，恩基学到了过度发展的教训，因而懂得维持平衡，所以恩基同时也是生态之神。

祭祀恩基的神庙叫“é-engur-a”（é=房屋，engur=深，a=水，深水之屋）或é-Abzu（冥界之屋）。恩基的主城是埃利都，位于幼发拉底河的湿地，在波斯湾附近。恩基是神圣与文明的力量“密”（Me）的守护者，同时也是智慧、炼金术与魔法之神。恩基的代表星是水星，同时也是“阿普斯”（Apsu，Ap=Ab=深渊，Apsu 就是冥界）之神。恩基的代表符号是一只山羊和一条鱼，后来合成了摩羯座。恩基虽然是水之神，但和阿卡德文化中的太阳与正义之神沙玛什，以及苏美尔的太阳神乌图多有相似之处。

在苏美神话中，恩基曾帮助人类逃过大洪水的劫难。阿特拉哈西（Atrahasis）神话中，恩利尔觉得人类太吵，于是放出洪水、干旱和瘟疫来消灭他们。但是，恩基传授阿特拉哈西灌溉、贮存谷物以及医药的知识，人类因此得以存活下来。恩利尔相当生气，决定秘密召几位神来放一次巨大的洪水完全灭绝人类，但是还是被恩基知道，并且事先安排乌塔那匹兹姆(Utnapishtim)搭船避难，日后便予乌塔那匹兹姆永生的能力，嘱其隐居深山。恩里尔大怒，控告恩基妨碍他的计划，恩基则向他解释，为了必须的平衡，不应该完全灭绝无辜的人类，让剩下来的人类进行节育即可。但是，相对地，如果人类不信神祇而堕落，就可以任凭众神屠杀。很显然地这是诺亚方舟类似故事的最早版本。恩基在浮雕和壁画上的模样，肩膀总是挂著两股水流（底格里斯河与幼发拉底河），里面时常有鱼，身边则有象征阴性与阳性的树木。埃利都（Eridu，Uru=城市，Idug=美好，“埃利都”就是“美好的城市”）是恩基的主城，也是幼发拉底河畔最古老的城市。由于恩基是“阿普斯”深渊的王，所以发音相近的埃利都也被认为就是“阿普斯”的原型。关于埃利都的确切位置，一般认为一开始很可能在波斯湾畔，因为海口有肥沃淤积壤土。但是至于是早期的位置还是后来的位置才是阿普斯本身，就有不同的说法：有人认为一开始的海口比较接近“深渊”的概念，有人却认为后来较上游的地带才是“淡水”区，总之埃利都这个名称和阿普斯有深切关系。当时的海平面比2019年高大约1到1.5米，所以在现代地图中看似为陆地城市的埃利都，其实当时是个港口，有通往迪尔穆恩（Dilmun，今巴林岛Bahrein）、玛干（Makan，今阿曼Oman）、与美路哈（Meluhha，印度河流域）的航班。美索不达米亚对犹太教的影响现代考古发现和语言学表明，恩基的阿卡德名字、厄亚在闪族西支（迦南人）的神话里被称为拉湖（lahu）后来可能就拼写变成了Yahweh，恩基的诸多形象和传说也因此进入了犹太教。