据资料记载，道光二十二年（1842年），有人认为原庙室规模小，出不了状元，于是官府派遣王雁洲、莫励堂两位举人到山东曲阜参观孔庙，以曲阜孔庙为模式设计绘图，筹集巨款，并从广东、湖南等地请来工匠重建，历时两年余始告竣工，成为广西最大的孔庙。清咸丰四年（1854年）又毁于兵燹，清咸丰十一年（1861年）重新修复。以后曾修葺二十多次。1963年广西壮族自治区人民政府拨款维修，并列为自治区重点文物保护单位。

新中国成立后，为方便群众游览，把状元门打开了。棂星门相传是汉高祖命祀棂星而移用于孔庙，以尊天者尊孔为本意。该门全部青石砌筑，上面刻有“棂星门”三个大字，还有双龙戏珠、双凤朝阳等浮雕。棂星门的六根大石柱顶端有六只小石狮互相窥视着。过了棂星门便是泮池，又叫月池，料石砌就，周围以青石为栏，有石拱桥跨过池面，称状元桥，意为状元才能通过，桥面有一块刻有云纹浮雕的青石，为“青云直上”之意。由棂星门步上两层平台，便是大成门。大成门由十一扇木门组成，木质结构，门扇上楼空的花鸟虫鱼雕刻，栩栩如生。大成门东面是名宦祠，西面是乡贤祠，是供奉历代先贤、先儒的地方，计有一百四十三个灵位。大成门后面是天井，前有宽大的平台，叫杏坛，又叫露坛，传说是孔子讲学的地方。露坛之上是大成殿，为文庙的主体建筑，面阔五间，进深三间，有砖柱十根，木柱十八根，大门十四扇，门窗、檐口均饰以木雕。屋面飞檐高翘，重檐歇山，脊施花饰，泥塑彩画，琉璃瓦盖，金碧辉煌。大成殿正中的神龛是供奉孔子灵牌的地方。大成殿之后是崇圣祠，是供奉孔子五代祖先的殿堂，崇圣祠与大成殿在建筑构造上很讲究，大小高低有分别。