总会设立秘书处，日常工作由秘书处负责。总会成立七年多来，已募集善款5.1亿元，使用善款4.7亿元。据统计，仅2011年一年时间，全市通过市、县（区）慈善总会的平台，接收慈善捐款（含“6.30”捐款）1.198亿元，使用慈善款（含扶贫开发使用慈善款）1.172亿元。根据惠州毗邻香港、澳门的地缘、人缘、商缘关系和实际工作需要，在总会分设了“惠州市慈善总会港澳基金管理委员会”。此管委会有较大自主权和活动空间，并建立有自己比较完善的机构和工作机制。这一管委会分设七年多来，每年募捐慈善款均达1000万元以上。

总会还根据惠州的实际，创新慈善工作路子，设立有总会公安民警救助基金、困难教师医疗救助专款（基金）。总会在接收赈灾、省运会、兴建学校、关爱五保低保等项目的定向捐款方面，宣传力度大，提供优质服务，做出了突出成绩。