慈云寺始建于北宋年间，地处古金沙场煎地唐洪灶。

悠悠岁月，古树逢春，1992年在党宗教政策的关怀下，当地村民自发重建寺庙，定名为“银杏庙”，后一度又改名为“灵兴寺”。

1995年10月通州市人民政府同意设立本庙为唐洪佛教活动点，2000年始有法师入住，由于因缘不具相继离开。

2006年11月由东社镇政府及宗教部门盛情邀请，南通普贤寺监院妙果法师前来担任筹建委员会主任。

2008年农历三月十五大雄宝殿奠基， 2009年6月更名为“慈云禅寺”，时任中国佛教协会会长的传印长老为本寺题名。

2018年10月14日下午，通州区慈云寺成立慈善功德会，并召开了第一次代表大会。