慕容元初封城阳公。永康三年（398年）四月，慕容元的父亲后燕惠愍帝慕容宝被杀，慕容元的兄长后燕昭武帝慕容盛继位。六月，慕容盛任命慕容元为卫将军。

公元399年，后燕慕容盛任命慕容元为司徒、尚书令。

公元401年八月二十日夜里，慕容盛被刺身亡。中垒将军慕容拔、冗从仆射郭仲向太后丁氏禀报，认为现在国家多灾多难，应该拥立一个年龄较大的人。当时，大家的希望寄托在慕容元身上，但是河间公慕容熙在平时却很得丁太后的宠爱，于是丁太后便废黜太子慕容定，秘密迎接慕容熙进宫。第二天早晨，文武大臣们进朝议政，才知道事情发生变化，因此只好呈上奏章劝说慕容熙进位。慕容熙让位给慕容元，慕容元不敢接受。八月二十一日，慕容熙登上天王的位子，把段玑等人抓获，把他们的三族全部杀了。八月二十四，慕容元因为受猜忌，慕容熙命令他自杀。