2004年，德国年轻指挥家中的才俊克里斯蒂安·蒂勒曼（Christian Thielemann）担任该团指挥。蒂勒曼上世纪八十年代就已活跃于世界乐坛，在歌剧方面与指挥家卡拉扬、巴伦博伊姆有过多年的合作。在指挥方面，不论是贝多芬、勃拉姆斯或是斯特劳斯的作品，提勒曼都可以淋漓尽致地加以表现。蒂勒曼还被称为“声音的魔法师”，那是因为赋予音乐真实的形体，诠释了曲子前所未有的美感与真实，在棒下流淌出的音色如水彩画般透明而鲜艳，用全新的观念诠释传统音乐，从不刻意雕琢型。不过在2011年，蒂勒曼与乐团在演出安排上发生争议，并宣布不再续约下一年度的合同。

2012年，慕尼黑爱乐乐团迎来了第十五任音乐总监——洛林·马泽尔。已经年逾八旬的马泽尔，作为昔日的“指挥神童”，已经历经多个世界顶级乐团的风风雨雨（值得一提的是，他还曾在1993-2002年担任同城的巴伐利亚广播交响乐团的音乐总监）。他能否引领慕尼黑爱乐乐团走向新的辉煌，值得广大乐迷继续关注。2013年后，由于大师健康出现问题，爱乐乐团方面提前宣布，俄罗斯指挥大师，人称“指挥沙皇”的瓦莱里·捷杰耶夫将于2015年担任乐团的首席指挥一职。

1893年，慕尼黑的乐器制造商弗朗茨·凯姆出资建立了一个以人的名字命名的乐团—凯姆管弦乐团，为这座城市的音乐生活带来了新的内容。凯姆是一位以制造钢琴为业的商人，也是一位人文素质极高的音乐爱好者，创建这乐团的目的是希望能够听到自己所喜爱的音乐作品。很快，凯姆管弦乐团的音乐会就有了不小的名声，在首任指温德尔一施泰因的指导下，乐团的演奏初露头角。两年之后，凯姆管弦乐团迎来了它历史上第一位优秀的指挥家尔曼祖佩，这位指挥同时也担任着宫廷歌剧院音乐总监。接替祖佩的费迪南德勒弗曾经就教于布鲁克纳，继任后团的演奏曲目中布鲁克纳的作品有了明显的增加，而日后乐团在演绎布鲁克纳方面的传统也就是从这里深深地埋了种子。但是勒弗并不能算是一位忠实于原作的指挥，总喜欢擅自删改老师的交响曲，并且未经授权就在音乐会公演这些被他改动得面目皆非的作品。不过对于多年遭受冷遇的布鲁克纳来说，这样的待遇已属十分难得，所以管心中不悦，却也奈何不得，只好听之任之了。勒弗甚至将布鲁克纳的交响曲随意增删，把织体和管弦乐配器完按照瓦格纳的方式进行了重写，然后再送交出版商出版发行。

从1898年开始的5年间，费利克斯·魏因加特纳成为凯姆管弦乐团的指挥，不仅在任期内大大提高了乐团的演奏水平，而且还通过许多次出国演出而提高了乐团的国际知名度。在此期间，马勒、施特劳斯和瓦尔特等人都曾经应邀担任乐团的客席指挥。1906年6月，年仅20岁的富特文格勒第一次拿起指挥棒，与凯姆管弦乐团举行了音乐会。在此之前一直执著于作曲的富特文格勒在这场音乐会上指挥了贝多芬的一首序曲和布鲁克纳的第九交响曲以及他本人创作的一首B小调广板，这段音乐日后成为他的第一交响曲的开头部分。1908年，凯姆管弦乐团更名为基尼黑演奏家协会管弦乐团，再度由勒弗成为首席指挥，随后的指挥当中还包括作曲家汉斯?普菲茨纳等人。

1924年，乐团再度更名成为“慕尼黑爱乐乐团”，它的经济来源也改由慕尼黑的市政当局负担。此时的乐团已经成为德国乃至全世界演奏布鲁克纳作品最出色的乐团，致力于演出真正出自布鲁克纳手笔的交响曲原槁，为人们重新认识布鲁克纳其人及其音乐创造了条件。

慕尼黑爱乐乐团进入它发展过程中的第一个黄金时代是从1938年奥斯瓦尔德·卡巴斯塔执掌指挥棒之后。卡巴斯塔是这个乐团历史上的又一位布鲁克纳专家，慕尼黑爱乐乐团不仅合奏缜密、声音浑厚，而且特别善于表达德奥浪漫主义音乐中所特有的那种精神和特征。但是由于卡巴斯塔与纳粹当局的亲密关系，第二次世界大战结束后不可避免地受到了牵连，最终在1946年自杀身亡，而曾领导下的乐团也随之沉寂下去。 战后任慕尼黑爱乐乐团音乐总监的包括汉斯罗斯巴里德和弗里茨里格尔等人，为乐团重振旗鼓，进入了新的发展时期。除了继续保持传统以外，乐团也在演奏曲目中增加了当代作品的分量。在这个阶段担任客席指挥的名家有汉斯·克纳佩茨布施、埃里希·克莱伯（老克莱伯）和索尔蒂等，丰富了乐团的色彩。

鲁道夫·肯佩是在1967年接任慕尼黑爱乐乐团音乐总监的，从这时起，直到9年后逝世，将乐团带入了第二个黄金岁月，乐团的演奏水准达到了巅峰状态。在肯培的率领下，乐团赴日本及前苏联进行巡回演出，并且录制了大量唱片，完成了颇得好评的贝多芬交响曲全集和勃拉姆斯交响曲全集的录音，并且雄心勃勃地开始录制布鲁克纳的交响曲。但是就在刚刚结束了其中的第四和第五交响曲的录音工作后不久，肯佩就因病身亡，留下了无限遗憾，也使慕尼黑爱乐乐团再度陷入了没有指挥的困境之中。所有熟悉育培指挥艺术的人都认为他的过早谢世是乐坛的—大损失。几乎每一个合作过的乐队演奏家都有一个共同的观点，那就是肯培属于他这一代指挥家中最优秀的一位。在艺术生涯的早期，几乎只专注于歌剧，而在最后的年代，把所有的时间都用在了指挥乐团上。擅长于表现诸如莫扎特、海顿、贝多芬、勃拉姆斯、布鲁克纳、马勒和施特劳斯等人的音乐，也指挥勋伯格、伯格和威伯恩等新维也纳乐派的作品，但是却很少涉足于所谓先锋音乐的领域。

切利毕达克在1979年成为新的音乐总监。乐团的第三个黄金时代便从此开始了。切利毕达克常常会以超乎他人几倍的时间去对一部作品精雕细琢，并且乐此不疲，坚持每套曲目12到18次的异于常理的排练时间，因而只有少数广播交响乐团才能够接受这样的条件。在排练中，会将演奏家搞到疲惫之至的感觉中，只有达到了音乐表现上的最大限度才能结束，对于演奏像对于数字一样要求精确，一丝不苟。切利华达克还强烈地反对唱片录音，认为真正活的音乐只能到音乐厅的现场去寻找，唱片只不过是幻影而已。对于音乐会的数量，也尽可能将其减少到最低限度。1984年首度在美国登台，指挥的却是一个由音乐学院师生组成的管弦乐团。切利毕达克指挥下的慕尼黑爱乐乐团有了不同凡响的进步，已济身于国际一流乐团的行列中，其朴素无华的声音虽然在色彩上令人稍感黯淡，但却能恰如其分地体现布鲁克纳和勃拉姆斯之类作曲家音乐中的特殊气质。

在84岁高龄之际，与慕尼黑爱乐乐团合作了17个年头的切利毕达克终于撒手而去。但慕尼黑爱乐乐团已经是一个成熟的乐团。

捷杰耶夫是慕尼黑爱乐乐团的首席指挥。2月25日，慕尼黑市长迪特·莱特向捷杰耶夫发布最后通牒，称2月28日之前，捷杰耶夫必须对俄罗斯侵略乌克兰事件明确表达立场，谴责战争，否则，慕尼黑方面将不得不提前终止他的首席指挥合同。据了解，这份合同原本还有三年到期。

俄罗斯著名音乐家、德国慕尼黑爱乐乐团的首席指挥瓦莱里·捷杰耶夫，因拒绝谴责俄罗斯军事行动，被所在乐团解雇。

2022年3月1日，据“德国之声”报道，俄罗斯著名音乐家、德国慕尼黑爱乐乐团的首席指挥瓦莱里·捷杰耶夫，因拒绝谴责俄罗斯军事行动，被慕尼黑爱乐乐团解雇。