戈尔戈纳岛的历史是一个周期性的历史，由人口和随后的遗弃尝试组成。事实上，僧侣或农民社区曾多次在岛上定居，也曾多次被遗弃。几个世纪以来，它还不断遭受海盗的袭击，海盗并将该岛作为自己的基地。

第一个定居点可以追溯到新石器时代。然后，伊特鲁里亚人和罗马人偶尔会光顾该岛。 “Gorgona”（戈尔戈纳）这个名字似乎与希腊神话中的“Gorgon”（也就是美杜莎）无关。几个世纪过去了，这里有一座修道院。

十四世纪，迦太基人定居于此，但他们在一个世纪后离开。曾多次尝试通过用一些塔楼加固其海岸来使该岛适合居住，但都不成功。十八世纪末，托斯卡纳大公派农民到岛上。开始农业生产的尝试并没有带来很好的结果，但这些农民变成了渔民，从而产生了现在的社区。1889年，戈尔戈纳岛的监狱终于建立起来，最初是皮亚诺萨监狱(Pianosa)的一个分支。