1792年西班牙，由天主教掌握最高权利，邻国法国的革命事业也引起了西班牙国内的骚乱。西班牙天主教决定重新启用令人畏惧的宗教裁判所。这场运动的领军人就是高深莫测而且聪明过人的修道士洛伦佐（贾维尔·巴尔登饰），他想方设法掌握权力。

洛伦佐的朋友是弗朗西斯科·戈雅（斯特兰·斯卡斯加德饰），他是西班牙最著名的画家，专门为国王和王后们绘制肖像画。当时他的一个美丽的模特伊内斯（娜塔莉·波特曼饰）蒙冤入狱，在宗教裁判所受到拷打。戈雅向洛伦佐乞求去救那个可怜女孩的命，这时他们的友谊也面临着考验。洛伦佐强奸了伊内斯并且把她关在了最秘密的地牢里。

将近二十年之后，法国军队占领了西班牙，戈雅是个与众不同的人物。几乎完全丧失了听力，他变成了一个阴暗的心理失常的人，几乎成了自己的一个幽灵。但这一时期也是他创作生涯中的巅峰时期。洛伦佐被西班牙教会驱逐流放到法国，一心想回国担任其拿破仑伪政权的主要检察官。这样他就可以报复那些把他赶出西班牙的人，这也就意味着他利用职务之便迫害他在西班牙宗教裁判所的旧同事。