成本控制系统必须与企业组织机构相适应，即企业预算是由若干分级的小预算组成的。每个小预算代表1个分部、车间、科室或其他单位的财务计划。与此有关的成本控制，如记录实际数据、提出控制报告等，也都是分小单位进行的。这些小单位作为责任中心，必须有十分明确的、控制的行动范围。按其控制范围不同，分为成本中心、利润中心和投资中心。成本中心是以达到最低成本为经营目标的一个组织单位；利润中心是以获得最大净利润为目标的一个组织单位；投资中心是以获得最大的投资收益率为经营目标的一个组织单位。按企业的组织结构合理划分各责任中心，是进行成本控制的必要前提。

通常企业分别编制销售、生产、成本和财务预算。为了进行控制，必须分别考察各个执行人员的业绩，这就要求按责任中心来重编预算，其目的是使责任中心的管理人员明确其应承担的责任和应控制的事项。在实际业务开始之前，责任预算和其他控制标准要下达给有关人员，让他们据此控制自己的活动。对实际发生的成本、取得的收入和利润，以及占用的资金等，要按各责任中心来汇集和分类。在进行核算时，为减少责任的转嫁，分配共同费用时，应按责任归属选择合理的分配方法。各单位之间相互提供产品或劳务，要拟订适当的内部转移价格，以利于单独考核各自的业绩，报告预算的执行情况。在预算期末要编制业绩报告，比较预算和实际的差异，分析差异的产生原因和责任归属。此外，要实行例外报告制度，对预算中没有规定的事项和超过预算限额的事项，要及时向相应的上级管理部门报告，以便及时做出决策。