天平胜宝六年（公元754年）四月，唐高僧鉴真于大佛殿前建筑戒坛，为圣武天皇等四百人传菩萨戒，五月，移坛至大佛殿西侧，营建堂宇，此即日本戒坛院之滥觞。

天平宝字五年（公元761年），下野药师寺、筑紫观世音寺亦设戒坛，而与本院并称天下三戒坛。其后，本院屡遭兵乱及火灾所毁。享保十六年（公元1731年），江户灵云寺惠努力重建，始恢复旧观。院中收藏有着色四天王塑造立像四尊、木造爱染明王坐像一尊、木造鉴真和尚坐像一尊等，多属日本国宝。